Forskning

Nya metoder för identifiering av virus med hjälp av bildanalys

2014-03-27

I en avhandling från Uppsala universitet presenteras nya metoder för identifiering av olika typer av virus med hjälp av bildanalys och elektronmikroskopi. De nya diagnostikmetoderna underlättar teknikanvändningen och sparar tid genom automatiserade processer.

Vissa typer av virus kan identifieras genom deras storlek, form och ytstruktur. Därför används i dag elektronmikroskopi för att diagnosticera till exempel kräksjuka, där fyra olika virus kan orsaka åkomman. Elektronmikroskopi används även som diagnostisk teknik när man misstänker mer exotiska virusinfektioner, och när man snabbt behöver avgöra vad som ligger bakom en epidemi eller pandemi.

För att använda elektronmikroskopi vid virusdiagnostik krävs expertkunskaper, både inom virologi och i hanteringen av själva mikroskopet. All kalibrering är manuell, mikroskopen är dyra i drift och kräver täta service- och kalibreringsåtgärder. Dessa nackdelar gör att antalet elektronmikroskopilabb är få. I Sverige finns till exempel endast ett elektronmikroskopilabb med expertis inom klinisk virusdiagnostik.
 
I en avhandling från Uppsala universitet har Gustaf Kylberg, doktorand vid Institutionen för informationsteknologi, Visuell information och interaktion, tagit fram nya bildanalysmetoder för att underlätta användningen av elektronmikroskopi för virusdiagnostik. Målet är att automatisera hanteringen och gör mikroskopen lättare att använda.

- Jag har arbetat nära en virolog och tittat på hur han arbetar med att identifiera virus. Sedan har jag byggt matematiska modeller utifrån det, och jobbat med att hitta metoder som härmar den manuella processen, säger Gustaf Kylberg.

En automatiserad analys av kliniska prover sparar tid och gör att ett större antal kliniska prover kan utföras på fler av dygnets timmar. Experten kan då ägna sig åt att granska och verifiera resultaten från de automatiska analyserna.

- De här metoderna är helt nya och föreslår lösningar på flera avgörande steg i processen. Vi har ännu ingen kommersiell produkt klar, men det kommer, säger Gustaf Kylberg.

Arbetet ingår i projektet MiniTEM där Centrum för Bildanalys vid Uppsala universitet samarbetar med bioteknikföretaget Vironova AB i Stockholm och med Delong Instruments i Brno, Tjeckien.