I december 2011 fastställde konsistoriet en ny arbetsordning för Uppsala universitet. I den ingår organisationsfrågor.
Konsistoriet
Uppsala universitets styrelse benämns konsistorium. Konsistoriet har inseende över Uppsala universitets alla angelägenheter och svarar för att dess uppgifter fullgörs. Vid universitetet finns en internrevision direkt underställd konsistoriet.
Rektor
Rektor är universitetets myndighetschef. Rektor har en ställföreträdare - benämnd prorektor - som tjänstgör i rektors ställe när han eller hon inte är i tjänst, och som i övrigt ersätter rektor i den utsträckning som rektor bestämmer.
Rektors ledningsråd
Ledningsrådet är ett stödjande och rådgivande organ för rektor. Ledningsrådet består av rektor, prorektor, vicerektorerna, universitetsdirektören och tre representanter för universitetets studenter, varav en doktorand. Ledningsrådet fattar inte beslut. Det förutsätts dock att rektor samråder med ledningsrådet i viktigare principiella och strategiska frågor.
Rektors beslutssammanträde
Rektors beslut fattas normalt vid särskilt sammanträde i närvaro av prorektor och universitetsdirektören samt representant för studenterna.
Vetenskapsområde
Uppsala universitets verksamhet organiseras i följande vetenskapsområden:
- Vetenskapsområdet för humaniora och samhällsvetenskap
- Vetenskapsområdet för medicin och farmaci
- Vetenskapsområdet för teknik och naturvetenskap
Områdesnämnden är vetenskapsområdets beslutande organ. Majoriteten av ledamöterna i områdesnämnden utgörs av personer med vetenskaplig kompetens. Områdesnämndens ordförande benämns vicerektor.
Fakulteter
Vetenskapsområdena är organiserade i fakulteter. Majoriteten av ledamöterna i fakultetsnämnden utgörs av personer med vetenskaplig kompetens.
Inom vetenskapsområdet för humaniora och samhällsvetenskap finns sex fakulteter. Fakultetsnämnderna är fakulteternas beslutande organ. Fakultetsnämndens ordförande benämns dekan.
Inom vetenskapsområdet för medicin och farmaci finns två fakulteter. Områdesnämnden är tillika fakultetsnämnd och fakulteternas beslutande organ. Vardera fakulteten har en akademisk företrädare med benämningen dekan.
Inom vetenskapsområdet för teknik och naturvetenskap finns en fakultet. Områdesnämnden är tillika fakultetsnämnd och fakultetens beslutande organ. Områdesnämndens ordförande är tillika dekan.
Institutioner
Verksamheten bedrivs inom institutioner. Varje institution tillhör en fakultet. En institution leds av en prefekt och en institutionsstyrelse. Majoriteten av ledamöterna i institutionsstyrelsen utgörs av personer med vetenskaplig kompetens.
Universitetsförvaltning
Universitetsförvaltningen stödjer konsistoriet, rektor, områdes- och fakultetsnämnder, institutioner och verksamheten i övrigt i syfte att universitetet fullgör sitt övergripande myndighets- och arbetsgivaransvar. Universitetsförvaltningen ansvarar för att förvalta och utveckla universitetets administration. Universitetsdirektören är universitetsförvaltningens chef.
Studentrepresentation
Studenterna har rätt att vara representerade i universitetets beslutande och beredande organ.
