Behörighetskrav

Avklarade kurser om 120 hp inklusive (1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap, eller (2) 90 hp biologi. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

Mål

Kursen fokuserar på jämförande sekvensanalyser och publika databaser. Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• identifiera och välja lämpliga publika databaser för att lösa ett givet biologiskt problem
• utföra och utvärdera parvisa och multipla sekvensinpassningar
• skissera processen från sekvens(rå)data till ett annoterat genom och förklara principerna bakom varje steg
• utföra grundläggande annotering
• hantera grundläggande kommandon i Unix-miljö
• välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem
• kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat

Innehåll

Kursen behandlar grundläggande bioinformatik med inriktning på mikrobiell genomisk sekvenseringsdata och innehåller följande moment och aspekter:

Next generation sequencing-revolutionen. Exempel på stora sekvenseringsprojekt. Lagring och organisering av biologiska data. Publika bioinformatikdatabaser, deras utformning och sökverktyg.

Homologi och sekvenslikhet. "Nothing in biology makes sense except in the light of evolution" (Dobzhansky 1973) i ett molekylärt sammanhang.

Principer för kostnadsbaserade parvisa sekvensinpassningar. Heuristiska metoder (BLAST). Multipla sekvensinpassningar - enkel algoritmöversikt, guideträdkoncept.

Arbetsflöde vid genomannotering: sekvensering, montering, strukturell och funktionell annotering, jämförande genomik. Grundläggande teoretiska koncept för identifiering av kodande sekvenser. Sekvensmotiv. Exempel från prokaryota/eukaryota mikrobiella genom. Fylogenetiska ramverk i jämförande genomik. Exempel på biologiska frågeställningar som undersöks med hjälp av genomik.

Principer för fylogenianalys och exempel på biologiska frågor som undersöks med hjälp av fylogenianalys. Översikt över arbetsflöde vid fylogenianalys.

Bioinformatisk programvara och Linuxmiljö. Automatisering av bioinformatiska analyser med hjälp av ett skriptspråk.

Undervisning

Undervisningen ges i form av datorbaserad nätundervisning, föreläsningar, datorövningar och projektuppgift.

Examination

Delkurser: Datorövningar 2 hp; projekt 1 hp; teori 2 hp.

För godkänd kurs krävs att samtliga datorövningar och projektuppgift har redovisats skriftligen. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.