Molekylär evolution och fylogenianalys

10 hp

Kursplan, Avancerad nivå, 1MB446

Kod
1MB446
Utbildningsnivå
Avancerad nivå
Huvudområde(n) med fördjupning
Bioinformatik A1F, Teknik A1F
Betygsskala
Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
Fastställd av
Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 30 augusti 2018
Ansvarig institution
Institutionen för biologisk grundutbildning

Behörighetskrav

120 hp inklusive Bioinformatisk metodik och Genombiologi

Mål

Kursen skall ge kunskaper om molekylära evolutionsprocesser, kunskaper och färdigheter i fylogenianalys och hur denna kan användas för att studera (molekylär) evolution.

Efter godkänd kurs skall studenten kunna:

  • beskriva evolutionära processer på molekylär nivå
  • tillämpa molekylära metoder för att studera genetisk variation inom och mellan arter
  • förklara och motivera olika modeller för sekvensevolution
  • förklara och värdera olika fylogenetiska optimalitetskriterier samt välja lämpligt kriterium för att lösa ett givet problem
  • skissera och tillämpa processen att göra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten
  • välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem

Innehåll

Mutationsprocessen, evolution av mutationshastighet, evolution av DNA-sekvenser, molekylära klockan, selektion och drift på molekylär nivå, nukleotidsammansättning, polymorfism och SNPs.

Fylogenetiska träd och andra modeller. Optimalitetskriterier för val av hypotes. Substitutionsmodeller för DNA och andra datatyper. Superträd, konsensusträd, kompatibilitet mellan träd. Algoritmer för evaluering av trädrummet; Markov Chain Monte Carlo, genetiska algoritmer. Evaluering av resultat från fylogenianalyser, datering av fylogenier.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar och datorövningar.

Examination

Skriftligt prov (4 hp), datorövningar (4 hp), projekt (2 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin