Beräkningar för att studera proteinkomplex uppbyggnad

Tidsperiod:

1 januari 2021 – 31 december 2024

Projektledare:

Erik Marklund

Finansiär:

Vetenskapsrådet

Bidragstyp:

Projektbidrag

Budget:

3 000 000 SEK

Proteiner utgör en stor del av allt liv på den molekylära nivån: deras interaktioner styr alla de processer som får en cell att fungera. Ofta formar de större komplex som tillsammans ser till att liovsviktiga reaktioner sker, att signaler går dit de ska inom och mellan celler, mm. Ofta samexisterar ett stort antal snarlika protein komplex med delvis samma beståndsdelar men olika interaktioner, vilket komplicerar studier av dessa komplex avsevärt. Nativ masspektrometri är en metod som under det senaste årtiondet visat sig framgångsrik på att kvanitifiera proteinkomplex och deras interaktioner även i de heterogena blandningar man kan hitta i en cell. Om jonrörlighetsspektrometri också används kan mätningarna ge information of komplexens "arkitektur" -- deras form och hur de hänger ihop -- vilket är en mycket värdeful ledtråd till komplexets funktion och dess roll i en cell. Tolkningen av experimentell data kräver avancerade beräiningssteg, och dessvärre har beräkningsmetoderna inte sett samma dramatiska utveckling som skett på experimentsidan. Vi avser därför att förverkliga några koncept som i nuläget ligger på idéstadiet men som kan ha en dramatsk betydelse för vilken kunskap man kan få ur experimenten. På så vis kan vi förverkliga den potential som nativ masspektrometri har för studier av biologiska system. Givet det uppsving masspektrometri haft inom livsvetenskaperna på senare tid är vi övertygade om att våra bidrag kommer att vara till gagn för både grundforskning och tillämpad forskning inom en rad områden. Vi kommer även att använda våra beräkningsmetoder tillsammans med experimentell data för att undersöka hur norovirus- och coronaviruspartiklar sätts samman i infekterade celler. Vi hoppas att detta kan leda till nya strategier för att bekämpa infektionssjukdomar.