Faciliteten för masspektrometri-baserad proteomik

Välkommen till den masspektrometri-baserade proteomikfaciliteten vid Uppsala Universitet. Vi finns vid Institutionen för kemi - BMC, Analytisk kemi. Vi utför skräddarsydda proteomikanalyser för projekt från akademi och industri.

Analyser

• Kvalitativ proteomik. Identifiering av proteiner i komplexa biologiska prov.
• Kvantitativ proteomik. Tekniker med och utan inmärkning appliceras.
• Proteomikanalys i kroppsvätskor, t.ex. cerebrospinalvätska och plasma.
• Karakterisering av post-translationella modifieringar, t.ex. fosforylering och glykosylering hos proteiner.
• Proteomik av prover från icke-humana arter, t.ex katt, hund, växter, bakterier, virus och parasiter.
• Proteinidentifiering av proteiner i lösning och av proteiner i gel band/spottar.
• Analys av proteiner från biobanksförvarade vävnader (FFPE/OCT förvaring).
  
• Anrikning med immunoaffinitet och identifiering av målproteiner. Faciliteten ger råd i experimentell design för identifiering av immunoprecipiterade proteiner och dess interaktionsproteiner med MS.
  
• Proteinextraktion. Selektiv extraktion av proteiner från celler och vävnad för MS-analys.
• Protein/peptid-separation (1-D SDS-PAGE, jonbyteskromatofrafi, SCX, ERLIC).
• Utbildning. Vi tillhandahåller kurser och workshops.

Utrustning

• QExactive Plus Orbitrap MS (Thermo Scientific)
  
• Easy nanoLC 1000 och Easy nanoLC II (Thermo Scientific)
• 1260 Infinity LC (Agilent Technologies)

Applikationer

• Karakterisering av trunkerade och modifierade proteiner, bestämning av enzymatiska klyvningsställen.
• Djupgående analys av cerebrospinalvätska och bestämning av biomarkörer för olika sjukdomstillstånd.
• Simultan extraktion av membranbundna och cytoplasmiska proteiner från celler och vävnader, med efterföljande MS-analys.
• Extensiv karakterisering av fosfoproteiner och fosfoproteom.