Robotiserat laboratorium ny resurs i svensk läkemedelsforskning

2021-10-04

Med rekryteringen av Ola Spjuths forskningsmiljö för farmaceutisk bioinformatik etablerar den nationella infrastrukturen Chemical Biology Consortium Sweden en nod vid Uppsala universitet. Satsningen är ännu ett viktigt steg i den pågående implementeringen av Artificiell Intelligens i svensk life science.

(Bild borttagen) Ola Spjuths forskningsmiljö ska bistå med tjänster för Cell Painting

Chemical Biology Consortium Sweden (CBCS) är en nationell infrastruktur för forskning inom kemisk biologi. Med bas vid SciLifeLab och noder vid ett urval av landets ledande laboratorier tillgängliggör CBCS teknologi och expertis för utveckling och tillämpning av små molekyler. Plattformen har sedan starten 2010 etablerat sig som en central resurs för svensk läkemedelsforskning, och tar nu nästa steg med rekryteringen av Farmaceutiska fakultetens forskningsmiljö för farmaceutisk bioinformatik.

– CBCS har identifierat ett ökande behov av projektstöd inom Artificiell intelligens och dataanalys, och med femårig finansiering från Vetenskapsrådet ansluter nu vårt team för att via plattformen erbjuda våra kompetenser inom området. Att CBCS därmed får representation även vid Uppsala universitet rymmer i sig viktiga mervärden, då det skapar tydligare kontaktytor mellan våra egna forskare och de tjänster infrastrukturen tillhandahåller, säger Ola Spjuth, professor i farmaceutisk bioinformatik.

Ola Spjuths forskningsmiljö ska bland annat bistå med tjänster för storskaliga experiment för cellprofilering (Cell Painting), där de via mikroskopi kartlägger hur olika typer av celler reagerar i kontakt med substanser. Arbetet kommer att utföras i gruppens robotiserade laboratorium som de invigde tidigare i år, en resurs som möjliggör automatiserade processer och effektiva analyser av de både omfattande och komplexa mängder data varje studie genererar.

(Bild borttagen) Ola Spjuth, Farmaceutiska fakulteten

– Vår insats fokuserar främst på profilering av substanser, att förklara hur de interagerar med olika celler och förutsäga eventuella sidoeffekter. Varje enskilt projekt inkluderar hantering av upp till hundratusentals högupplösta bilder. De är utmanande att analysera, och här är maskininlärning en metod som redan röner stora framgångar. Att vi själva konstruerat vårt robotiserade laboratorium ger oss en unik flexibilitet, och vi är övertygade om att tillföra stora värden då vi kring årsskiftet börjar ta uppdrag via CBCS, säger Ola Spjuth.

Infrastrukturen CBCS har haft avgörande betydelse för en rad vetenskapliga publiceringar i högt rankade tidskrifter, flera patent och – hittills – sex nya företag. I plattformens uppdrag ingår att förvalta och distribuera SciLifeLabs samlingar med fler än 200 000 småmolekyler. Dessa utgör en viktig resurs vid studier och identifiering av organiska molekyler med kapacitet att påverka biologiska system i en önskad riktning.

– Vi ska även utföra storskaliga fenotypiska screeningar med hjälp av våra metoder. Det rör sig om omfattande arbetsinsatser, men Vetenskapsrådets långsiktiga investering i vår miljö ger oss utrymmet att rekrytera de medarbetare vi behöver för att tillföra en extra dimension till kemisk biologisk forskning i Sverige säger Ola Spjuth.

Fakta CBCS

Erbjuder projektstöd inom analysutveckling, screening av småmolekyler, medicinsk och syntetisk kemi mm.
Har från 2022 noder vid Uppsala universitet, Göteborgs universitet, Karolinska institutet, Lunds universitet, Linköpings universitet och Umeå universitet.
Är sedan 2013 plattform vid SciLifeLab.

Mer information

Kontakt

(Bild borttagen) Ola Spjuth, professor i farmaceutisk bioinformatik
Institutionen för farmaceutisk biovetenskap
ola.spjuth@farmbio.uu.se, 070-425 0628

text: Magnus Alsne, foto: Mikael Wallerstedt, Lab Ola Spjuth