Forskare inom bioinformatik

Publicerad: 2021-03-25

Sista ansökningsdag för den här annonsen har passerat.

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Institutionens forskning bedrivs inom tre samverkande och delvis interagerade sektioner; cancer, infektioner och immunitet samt genetik och genomik. En närmare beskrivning finns på http://www.imbim.uu.se/forskningsomraden/.

Projektbeskrivning: Heteroresistens (HR) är ett fenomen där det i en population av huvudsakligen antibiotikakänsliga bakterier finns en liten subpopulation av  resistenta bakterier som snabbt kan tillväxa in närvaro av antibiotika och orsaka att behandlingen inte fungerar. De mekanismer som orsakar HR är till stor del okända, men i många fall kan amplifiering av ett genomsegment som bär på antibiotikaresistansgener orsaka HR. Detta projekt ämnar till att utveckla bioinformatiska metoder som möjliggör att man utifrån genomsekvenser kan förutsäga vilka bakteriestammar som är heteroresistenta.

Arbetsuppgifter: Bedriva forskning inom projektet genom att utveckla och underhålla en mjukvara som analyserar genomsekvenser från bakterier och använder avancerade statistiska metoder för att skapa en modell som kan förutse heteroresistens. Utveckla en plattform som gör resultat och sekvenser tillgängliga för alla samarbetspartners inom projektet. I arbetet ingår bioinformatik och metodutveckling samt systemutveckling. I arbetet ingår även att säkerställa reproducerbar forskning genom noggrann dokumentation och publicering av vetenskapliga artiklar. Viss undervisning kan ingå.

Kvalifikationer: Doktorsexamen inom bioinformatik, genomik, eller ett likvärdigt område. Dokumenterad erfarenhet av bioinformatiska analysmetoder samt storskalig sekvensanalys, liksom programmeringskunskaper i Bash, R, Perl eller Python är ett krav. Erfarenhet av statistik och machine-learning metoder. Mycket goda färdigheter i engelska krävs. Kandidaten ska vara initiativrik och utveckla projektet, dokumentera arbetet för reproducerbar forskning enligt FAIR principer, och samarbeta såväl med gruppens övriga medlemmar som med nationella och internationella samarbetspartners. Stor vikt läggs vid personlig lämplighet.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: snarast eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning två år med eventuell möjlighet till förlängning.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Dan Andersson, dan.andersson@imbim.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 8 april 2021, UFV-PA 2021/1042.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.