Högteknologisk visualisering av biologiska prover

Som en tredelad infrastruktur finns flertalet verktyg som hjälper forskare med visualisering och analys av biologiska prover. BioVis är en sammanhållen infrastruktur som är indelad i de olika noderna ljusmikroskopi, elektronmikroskopi, flödescytometri och cellsortering.

Som guidning finns erfaren personal i form av fem anställda, där Dirk Pacholsky är chef över plattformen.

– Vår stora kundkrets är forskare från Uppsala universitet, men såväl nu som historiskt har det varit en tyngdpunkt mot forskare från institutionen för immunologi, genetik och patologi (IGP). Det har ibland lett till en missuppfattning att BioVis är en infrastruktur för forskare vid IGP, men så är inte fallet. Vi är öppna för alla som ser ett behov av att använda de instrument vi förfogar över, säger Dirk Pacholsky.

Fullservice eller självservice

För de forskare som vänder sig till BioVis för ljusmikroskopi, elektronmikroskopi, flödescytometri eller cellsortering finns två olika modeller för stöd.

– Vi brukar tala om fullservice eller självservice. Vid det förstnämnda kommer du som forskare med dina färdigprocessade prover och vi opererar instrumenten för ljusmikroskopi eller flödescytometri. För elektronmikroskopi erbjuder vi samma sak, fast här kan vi även vanligtvis vara behjälpliga med att förbereda proverna. Den andra vägen är att sköta instrumenten på egen hand och då tillhandahåller vi en introduktionskurs som vi ger en gång per månad och därefter får man tillgång till att köra instrumenten själv, berättar Dirk.

BioVis startades 2007 av Lena Claesson-Welsh, professor vid IGP. Sedan dess har utvecklingen gått framåt rejält, både sett till antalet instrument och användningen av dem.

– Alldeles i början var det mycket en ”one-man-show” med min föregångare och endast ett instrument inom varje segment. Jag kom in 2009 och ungefär ett år senare exploderade det rejält. Under de kommande sex åren var vi en del av SciLifeLab och nådde vår högsta personalsiffra på sex anställda totalt. Från 2017 fram till nu har vi Rudbecklaboratoriet som hemvist och 12 olika instrument fördelat på de olika noderna. Men från och med 2024 har vi också en ny anläggning vid Biomedicinskt Centrum (BMC), säger Dirk Pacholsky och fortsätter:

– Där har vi placerat en flödescytometer och planerar att följa upp med ett konfokalmikroskop. Målet med BMC-anläggningen är att skapa en förlängning av BioVis som kommer att erbjuda flödescytometri, ljusmikroskopi och cellsortering. För att det ska bli verklighet måste en del strukturella förändringar ske i fråga om personal och inte minst finansiering.

Medfarm står för den största delen av finansieringen, men IGP har genom åren investerat omkring 21 miljoner kronor i infrastrukturen. Den tredje inkomstkällan är avgifter från de som använder instrumenten.

– Majoriteten av de som kommer till oss är forskare vid Uppsala universitet, vilka tack vare vår finansiering från Medfarm kan använda våra instrument till subventionerat pris. Vi har också externa användare i form av andra lärosäten och företag som betalar ett högre pris.

Finns det några krav som måste uppfyllas för att använda instrumenten?

– Vi är ett öppet labb och har egentligen inga krav eller kriterier på det sättet. Vill man komma hit så är vi behjälpliga. Vill man däremot använda instrumenten på egen hand behöver man gå vår introduktionskurs.

– Infrastrukturer drivs ofta av professorer som är kunniga inom specifik forskning. På BioVis är vi istället experter på instrumenten och det gör oss väldigt effektiva. Det innebär sammanfattningsvis att om man vill få plats hos oss, så får man det. Cellsortering kan ha en väntetid på max två veckor, medan det inom flödescytometri eller ljus- och även elektronmikroskopi är mycket högre genomströmning, säger Dirk Pacholsky.

Utmaningar och möjligheter

BioVis framtid ser ljus ut, men som alltid finns det både utmaningar och möjligheter. I mångt och mycket går de båda hand i hand, menar Dirk Pacholsky.

– En av utmaningarna vi står inför är att försöka få redundans vid instrumenten så att vi kan vara två personer vid varje nod. Som det ser ut idag är vi två på alla, utom inom flödescytometri där det bara är jag. Om det blir verklighet framöver skulle det öppnas ”ledig” tid, som vi i så fall kan använda för metodutveckling inom BioVis och som i sin tur kan bidra till utveckling av infrastrukturen och servicen till våra kunder.

Robin Widing