SciLifeLab förbereder storskalig diagnostisering av covid-19

28 april 2020

Systemutvecklare vid SciLifeLab i Uppsala har anpassat de IT-system som behövs för att hantera de många prover som analyseras vid storskalig diagnostisering av covid-19.

Att säkerställa driften av samhällsviktiga funktioner kräver just nu storskalig diagnostisering av covid-19 i syfte att avgöra huruvida medarbetare måste isoleras eller kan fortsätta sitt arbete. Uppgiften såväl som antalet tester är omfattande, och på Folkhälsomyndighetens uppdrag arbetar nu flera aktörer parallellt för att skapa de flöden som krävs.

Johan Dahlberg, SciLifeLab, foto: Per Lundmark

– Vår uppgift har varit att anpassa IT-systemen för testning och analys för att kunna hantera mängden prover som behövs. Våra systemutvecklare har arbetat hårt och fokuserat, och vi är glada över att kunna bidra till detta mycket viktiga arbete, säger Johan Dahlberg, teknisk chef vid SciLifeLabs Nationella Infrastruktur för Genomik (NGI), Uppsala universitet.

Målet är att utföra 5000 covid-19-analyser per dag när verksamheten är i full gång. De aktuella IT-systemen fyller en central funktion i att kvalitetssäkra och standardisera arbetsflöden för laboratorietester, vilket även inkluderar att automatisera tolkningen av resultat och vidare rapportering till sjukvården.

– Vi har arbetat i nära samverkan med Centrum för Translationell Mikrobiomforskning (CTMR) vid Karolinska Institutet/SciLifeLab som driver initiativet, och samarbetet dessa veckor har varit mycket framgångsrikt, konstaterar Johan Dahlberg.

NGI kommer också att bidra till flera andra forskningsinsatser som just nu förbereds i syfte att möta covid-19.

– Att de kompetenser vi byggt kommer samhället till gagn under rådande utmaningar visar styrkan i den  resurs vi skapat, och jag är övertygad om att vi kommer att ge viktiga bidrag även till den forskning kring covid-19 som nu väntar, säger Jessica Nordlund, verksamhetsledare vid NGI.