Idag lanseras kartan över människans proteiner

Projektet The Human Protein Atlas, som finansierats från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, är ett av Sveriges största forskningsprojekt någonsin. Forskningsresultaten i form av information och vävnadsbilder över människans proteiner (proteomet) tillhandahålls fritt tillgängligt för alla via en interaktiv databas.

Kartläggningen visar för första gången vilka och var människans proteiner är uttryckta i alla större vävnader och organ, så som hjärna, hjärta, eller lever, och vilka proteiner som är uttryckta i alla celler. De flesta läkemedel på marknaden idag fungerar genom att påverka proteiner och därför förväntas kartläggningen vara en värdefull kunskapsresurs i framtida forskning inom medicin och life science, och bidra till utvecklingen av nya läkemedel och diagnostiska verktyg. Kunskapsdatabasen är även ett verktyg för forskare som är intresserade av människans biologi i övrigt och de som är verksamma inom translationell medicin, en disciplin där biomedicinsk forskning knyts samman med behov inom vården.

- Det känns spännande att lansera en detaljerad vävnadsbaserad karta av människans proteiner, med högupplösta bilder som visar uttrycket av proteiner i enskilda celltyper i olika delar av människokroppen. Projektet är tvärtvetenskapligt och kombinerar bioteknik och IT med ett nära samarbete med patologin, vilket möjliggör för forskare att studera proteiner som är såväl selektivt som generellt uttryckta i ett stort antal normal- och cancervävnader. Alla bilder och data är fritt tillgängliga på www.proteinatlas.org och de identifierade proteinerna utgör grunden för en rad forskningsprojekt inom olika sjukdomsområden, säger Cecilia Lindskog Bergström, site director vid Uppsala universitet.

The Human Protein Atlas-projektet startade 2003, två år efter att DNA-sekvensen för människans alla gener tillkännagavs. Projektet startades med målet att kartlägga alla proteinerna som kodas av människans gener.

- Den roll som vi i Uppsala spelat inom detta projekt har framförallt varit kopplat till den medicinska/kliniska aspekten och nyttan med projektet. Kartläggning och bedömning av hur alla våra proteiner uttrycks på cell och vävnadsnivå i såväl normala organ som i cancer har krävt medicinsk bakgrundskunskap för att tolka det vi ser i mikroskopet. Närhet och tillgång till biobanker har varit mycket viktig liksom utvecklingen av tekniker för att brett kunna analysera genuttryck på både RNA och proteinnivå, säger Fredrik Pontén, professor vid institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet och Vice Program Director för The Human Protein Atlas.

- Kopplingen till den kliniska patologin har varit en grundförutsättning och en även en viktig resurs för att kunna utvidga studier till att analysera olika proteinuttryck med avseende på biomarkörer för sjukdom. Särskilt inom cancerområdet behövs patologin för att upptäcka och validera nya cancerbiomarkörer, säger Fredrik Pontén.

Idag jobbar 100 forskare inom projektet och det har tagit 1000 manår att skapa detta virtuella mikroskop genom vilket man kan se vilka proteiner som uttrycks i ett visst organ och lokalisera proteinet ner på cell-nivå. Hittills har mer än 300 vetenskapliga artiklar publicerats från projektet.

The Human Protein Atlas är ett samarbete mellan forskargrupper på, KTH, Uppsala universitet, SciLifeLab, och Lab Surgpath, Mumbai, Indien.

För mer information om The Human Protein Atlas, se: www.proteinatlas.org.