Snabb mikrobiell diagnostik

Nya tekniker för att snabbt och enkelt identifiera olika virus och bakterier utvecklas av Mats Nilssons forskargrupp. I förlängningen hoppas han också kunna använda metoderna för att identifiera resistenta bakteriestammar.

I ett första skede har forskningen inriktats mot att ta fram tester som snabbt kan visa om en patient som söker sjukvård bär på specifika virus eller bakterier. Detta arbete sker tillsammans med en virolog på Uppsala akademiska sjukhus.
I dag är metoderna som används för att identifiera en viss bakterie eller ett virus antingen kostsamma eller tidskrävande.  
- I dag får en patient som tros bära på en bakterieinfektion och besöker sjukhuset ofta först ett brett antibiotikum, och i samband med detta görs också en odling som kan ta flera dagar att fastställa. Under den tiden får man inte alltid en optimal behandling, säger Mats Nilsson.
Forskargruppen arbetar därför med att utveckla dagens ofta långsamma laboratorietester mot mer effektiva molekylära metoder som ska göra det möjligt att identifiera en rad olika bakterier och virus i ett och samma prov. I de befintliga molekylära metoderna är det vanligt att endast en enskild bakterie eller virus i taget, kan identifieras och de blir därmed dyra.
- Vi strävar att inom ett par år ha ett test färdigt som kan ge information om vilken smitta man bär på ett både snabbare och enklare sätt än i dag.
Redan under mitten av 1990-talet tog forskargruppen fram en metod som i dag används av forskare för storskaliga genotypningsanalyser, där man samtidigt kan titta på 10 000-tals genetiska variationer, i ett enda test, där färgen på fläckarna läses av på en glasyta som är mindre än centimeter i kvadrat.
Olika virus och bakterier har skilda arvsmassor och Mats Nilsson är säker på att storskaliga tester av deras egenskaper är en möjlig väg att gå. Tekniken går ut på att en syntetisk DNA-kedja designas så att den cirkelsluts om den stöter på en målmolekyl för en viss bakterie eller ett virus. För att detta ska vara lätt att se kopieras DNA-molekylen ett stort antal gånger så att en lång tråd bildas, som sedan ska kunna upptäckas i exempelvis ett provrör.
Arbetet med att ta fram tekniker för att på kort tid påvisa förekomst av resistenta bakterier har också nyligen inletts i samarbete med forskare på institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi.
- Tanken är att vi ska använda samma teknik även här och på sikt också kunna leta efter ett stort antal resistenta bakteriestammar i ett och samma test, säger Mats Nilsson.
I dag sker de vanligaste undersökningarna av resistenta bakterier genom odling av en bakteriekultur på en platta tillsammans med olika antibiotika. Om stammarna fortsätter att växa är de resistenta, men dessa studier tar tid – och de snabbare metoderna som tagits fram är väldigt dyra. Vi strävar efter att få fram ett resultat som ska gå att läsa av genom ett enkelt färgomslag i ett provrör.
- Jag hoppas att billiga masstester har utvecklats av oss och finns tillgängliga för kliniskt bruk inom två år.

Anneli Waara