Statistik räcker inte för att studera proteiners signalsystem

För tio år sedan väckte upptäckten att man med statistiska metoder kunde påvisa signalöverföring inom proteiner stor uppmärksamhet. Nu presenterar Uppsalaforskare i en artikel i tidskriften Proceedings of the National Academy of Science, PNAS, experimentella resultat som motsäger teorin. Proteiner styr nästan alla kemiska processer i kroppens celler. En grundläggande egenskap hos proteiner är förmågan att överföra signaler, både inom och mellan proteiner. Man vet till exempel att sådan signalöverföring är livsviktig för hemoglobin som transporterar syre i kroppen. I det fallet är mekanismen i stort sett klarlagd. - Men i andra fall vet man mycket lite om mekanismerna eller om sådan signalöverföring förekommer överhuvudtaget, säger Per Jemth, som tillsammans med sin forskargrupp vid Uppsala universitet studerar om signalöverföring även förekommer i små proteiner. För snart tio år sen publicerades en mycket uppmärksammad artikel i Science som beskrev en metod för att påvisa signalöverföring i proteiner genom att jämföra proteinernas aminosyrasekvens. Författarna redovisade en statistisk metod för att visa hur vissa delar i proteiner förändras tillsammans genom evolutionen, dvs om en förändring hade skett i en del skedde en förändring i en annan del i proteinet samtidigt. På detta sätt fann man ett nätverk av delar som tycktes höra ihop och inom detta nätverk ansågs signalöverföring äga rum. Men Uppsalaforskarna såg flera saker som inte stämde med resultaten i den uppmärksammade artikeln och nu kan de med experiment visa att det inte förekommer mer signaler inom detta nätverk än det gör med andra delar i proteinet. Istället fann de, helt logiskt, att närliggande delar i proteinet samverkar mer med varandra än delar som är långt ifrån varandra. - Våra resultat ifrågasätter alltså att statistiska metoder kan påvisa signalöverföring inom proteiner och understryker vikten av noggranna experiment för att underbygga datorbaserade metoder inom proteinkemi, säger Per Jemth. Att kunna förutsäga proteiners funktion in i minsta detalj utifrån deras aminosyrasekvens är ett mål som sysselsätter många forskare sedan människans DNA blev känt. Denna studie understryker att experiment behövs för att förbättra och förfina de datormetoder som används idag. - När teori, datorsimulering och experiment ger samma svar är det långsiktiga målet nått, men vägen dit är fortfarande lång. Läs artikeln på PNAS hemsida. För mer information, kontakta Per Jemth, tel: 070-260 51 92, e-post: Per.Jemth@imbim.uu.se