Ett nytt verktyg inom läkemedelsutveckling

Att navigera i kemisk rymd handlar den avhandling i läkemedelskemi som läggs fram vid Uppsala universitet den 27 mars 2009. Nya läkemedelskandidater kan nu tas fram med hjälp av en egenutvecklad åttadimensionella rymdkarta över läkemedelsmolekyler.

- Selektion och prioritering av vilka substanser som ska testas är ett viktigt steg i all läkemedelsutveckling. Därför är det här ett värdefullt komplement till tids- och resurskrävande laboratoriearbete, säger Josefin Rosén.

I sitt avhandlingsarbete har hon utvecklat en karta, kallad ChemGPS-NP, i åtta dimensioner som motsvarar fysikalkemiska egenskaper viktiga i läkemedelsutveckling. Kartan baseras på 1779 stycken noga utvalda kemiska referensmolekyler som har biologisk aktivitet, såsom läkemedel och naturprodukter, berättar Josefin Rosén och fortsätter:

- ChemGPS-NP kan hantera stora datamängder effektivt och kan ge värdefull information i flera steg av läkemedelsutveckling. Med hjälp av statistiska metoder kan positionen för nya ämnen bestämmas genom interpolation från referensmolekylerna.

Hon säger också att användningsområdena för ChemGPS-NP är många. En av de upptäckter som presenteras i avhandlingen är att cancerhämmande ämnen bildade grupperingar på kartan efter vilken effekt de har på cancercellerna.

- Eftersom olika typer av cancerhämning lämpar sig olika bra för att behandla olika typer av cancer är det mycket värdefullt att kunna förutsäga dessa med hjälp av datorn, säger Josefin Rosén.

De har också jämfört naturprodukter och läkemedel på den kemiska rymdkartan. Studien visade att många naturprodukter som låg nära ett läkemedel ofta hade liknande biologisk aktivitet.

- Dessa naturprodukter skulle kunna inspirera till upptäckande av nya läkemedelskandidater. Ungefär hälften av alla läkemedel på marknaden har naturligt ursprung och intresset för naturprodukter inom läkemedelsindustrin är för närvarande stort, säger Josefin Rosén.

Läs mer om avhandlingsarbetet på Uppsala universitets hemsida

För mer information, vänligen kontakta:

Josefin Rosén, vid institutionen för läkemedelskemi, avdelningen för farmakognosi, 0709-530232; josefin.rosen@fkog.uu.se