Behörighetskrav

Alt. 1) biologi 50 p motsv. basblocket i biologi och kemi 20 p; alt. 2) kemi 40 p inkl. Biokemi MN1 och biologi 30 p motsv. Organismernas evolution och mångfald NV1, 10 p, Genetik och genteknik NV1 samt Fysiologi NV1; alt. 3) kemi 40 p inkl. Biokemi MN1 och Biokemi MN2 och biologi 20 p motsv. Organismernas evolution och mångfald NV1, 10 p samt Fysiologi NV1, 10 p.

Syfte

Studenten skall efter genomgången kurs i bioinformatik kunna: 1. Tillämpa

datorbaserade metoder för biologiska analyser av DNA-sekvenser,

proteinstrukturer samt kompletta genom. 2. Lösa biologiska problem med

hjälp av bioinformatiska verktyg och kritiskt utvärdera de erhållna

resultaten. 3. Beskriva algoritmerna bakom de bioinformatiska verktygen. 4.

Planera, genomföra och utvärdera problembaserade projektarbeten inom

ämnesområdet bioinformatik samt redovisa resultaten i såväl muntlig som

skriftlig form.

Innehåll

Kursen inleds med en presentation av teorier och

datorprogram för analyser av DNA-sekvenser,

proteinstrukturer och kompletta genom.

Inom varje delmoment presenteras

en uppsättning biologiska problem vilka

bearbetas med hjälp av programvaror som

succesivt insamlas under kursens gång.

Biologiska tillämpningar illustreras med

verkliga exempel hämtade från aktuella

forskningsområden. Detta block följs av en

friare del där kunskaperna i bioinformatik

tillämpas i mindre projektarbeten och

literaturstudier. Undervisningen kommer att

läggas upp som ett litet genomprojekt där

obearbetade sekvensdata succesivt analyseras i

allt större detalj med hjälp av bioinformatiska

verktyg.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar,

seminarier, datorövningar, laborationer,

litteraturuppgifter och projektarbeten.

Deltagande i datorövningar,

litteraturuppgifter och projektarbeten är

obligatoriskt. Kursen ges eventuellt på engelska.

Examination

Prov anordnas under kursens gång och vid slutet av kursen. För att kursen

skall bedömas med betyget godkänd fordras att datorövningar, projektarbeten

och prov bedömts godkända. För betyget godkänd krävs förmåga att använda

datorbaserade metoder för lösandet av biologiska problem samt förmåga att

genomföra ett enklare projektarbete och redovisa detta i tal och skrift.

För betyget väl godkänd krävs en djupare förståelse för algoritmerna bakom

dessa metoder samt förmåga att genomföra ett avancerat projektarbete och

redovisa detta i tal och skrift. För studerande som ej godkänts i prov anordnas extra provtillfälle vid höstterminens början, vid juluppehållet och vid vårterminens slut.