Behörighetskrav

För tillträde till kursen fordras kunskaper motsvarande biologi 50 poäng och kemi 20 poäng alternativt kemi 60 poäng, varav biokemi 20 poäng och biologi 10 poäng.

Syfte

Studenten skall efter genomgången kurs i bioinformatik kunna: 1. Söka efter biologisk information på Webben. 2. Använda enkla datorbaserade verktyg för studier av DNA-sekvenser och proteinstrukturer. 3. Lösa biologiska problem

med hjälp av bioinformatiska verktyg. 4. Tolka resultat baserade på olika former av datorbaserade metoder.

Innehåll

Följande problemområden ingår: Sammanställning av sekvensdata. Grundläggande sekvensanalys. Databaser och databassökningar. Mönster i DNA-sekvenser. Sekundärstrukturer. Proteiners tredimensionella strukturer. Alignments. Fylogenetiska rekonstruktioner. Metaboliska rekonstruktioner. Jämförande analyser av kompletta genom.

Undervisning

Undervisningen ges i form av en serie problembaserade datorövningar. Till

varje problem följer kompletterande material i form av: 1. Biologisk

bakgrund (BB). 2. Avancerade algoritmer (AA). 3. Step-by-step guides (SS).

Kursen ges på engelska.

Examination

För att kursen skall bedömas med betyget godkänd fordras att de

problembaserade datorövningarna bedömts godkända. Dessutom anordnas ett övergripande prov vid slutet av kursen. För studerande som ej godkänts i prov anordnas extra provtillfälle på begäran.