Behörighetskrav

Cell- och molekylärbiologi. Numerisk analys I. Matematisk statistik.

Syfte

Med tillämpning av matematiska, statistiska och datorvetenskapliga arbetsmetoder skall

kursen ge kunskaper om bioinformatik och dess relation till de molekylära

och evolutionära processer som formar de biologiska sekvenserna (protein och DNA).

Med modeller av dessa processer som grund skall kursen ge förståelse för och färdighet i

att använda datorbaserade algoritmer för analys av sekvenser och kompletta genom.

Innehåll

Historik över utvecklingen av metoder och tekniker inom bioinformatik och molekylärbiologi. Internationella databaser och lagring av biologisk information. Metoder att extrahera information från databaser. Det humana genomets organisation. Bioinformatikens roll i den farmaceutiska industrin och i samhället. Etiska problemställningar angående tillgänglighet av biologiska data. Under kursens första del presenteras teori och grundläggande begrepp inom bioinformatik. Datorprogram för analys av gener, proteiner och hela genom introduceras löpande under kursens gång. Biologiska tillämpningar illustreras med realistiska exempel från pågående forskning. Kursorganisationen liknar ett litet genomprojekt där obehandlad data successivt detaljanalyseras med bioinformatiska verktyg. Under kursen behandlas etiska frågeställningar om sekvensinformation från genom.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorövningar.

Examination

Skriftligt prov vid kursens slut. För att kursen skall bedömas med betyget godkänd (3, 4 eller 5) krävs att litteraturuppgifter och datorövningar bedömts godkända.