Behörighetskrav

Kandidatexamen inom ämnesområdet molekylärbiologi, molekylärgenetik, biokemi eller biofysikalisk kemi.

Syfte

Kursen skall ge kunskaper om, och förtrogenhet med, teoribildning och tekniker från några av de grundläggande discipliner (programmering och databaser, beräkningsvetenskap, diskret matematik, stokastiska processer, genomik och genfunktion, populationsgenetik, proteomik och proteinstrukturer) som bioteknologi och bioinformatik bygger på, som är nödvändiga för senare kurser inom kurspaketet och där sökande med olika bakgrund kan förväntas ha varierande djup i sina kunskaper.

Innehåll

Matematisk induktion. Rekursiva definitioner, linjär rekursion,

optimering, uppräkning, partitioner, permutationer, algoritmer och

deras effektivitet, grafer, sortering och sökning, matchningar.

Allmänt om algoritmer, datatyper och datastrukturer. Särskilda

datastrukturer: stackar, arrayer, listor, träd, strängar och mängder.

Objektorienterad analys och konstruktion. Programmeringsteknik.

Programmering i MATLAB, C/C++, Java. Datamodeller (relations- och

objektorienterade modeller) för organisation av databaser, frågespråket

SQL. Integritets- och säkerhetsvillkor, normalformer. Slumpvandring,

Markovkedjor, födelse-dödsprocesser. Stationära fördelningar. Numeriska

metoder; differentialekvationer, linjära ekvationssystem, matriser och

matrisalgebra, egenvärdesproblem. Fouriertransform.

Genomets struktur och funktion i organismvärlden. Storskaliga metoder

för genomanalys hos modellorganismer samt metoder för studier av

genfunktion. Tekniker för genomjämförelser, genetisk struktur och

genotypning; praktisk tillämpning. Grundläggande evolutionära element,

evolution på genomnivå. Biologisk mångfald: genetisk variation,

populationsstruktur. Kvantitativ genetik. Proteomik. Grundläggande

makromolekylär struktur: PDB-koordinater, strukturfamiljer.

Datormodellering av tredimensionell struktur baserad på sekvensdata;

modellering av sekundär och tertiär struktur.

Undervisning

Föreläsningar, lektioner och laborationer.

Examination

Skriftliga deltentamina under kursens gång. För godkänd kurs krävs godkända laborationer och inlämningsuppgifter.