Behörighetskrav

Kursen ingår i Bioinformatik, kurspaket, 20 poäng. För tillträde till kursen fordras 120 poäng inom Matematiskt-naturvetenskapligt program alternativt Naturvetenskapligt program eller motsvarande, varav Matematik, statistik med datoranvändning MN1 10 p (eller motsvarande), kemi 20 poäng samt molekylärbiologi/cellbiologi/biokemi 30 poäng

Syfte

Med tillämpning av matematiska och datorvetenskapliga arbetsmetoder skall kursen ge fördjupade kunskaper i molekylärbiologi och bioinformatik. Kursens första halva skall ge kunskap i att bearbeta problemställningar inom icke-linjära, multivariabla, dynamiska och stokastiska biologiska system med inriktning mot intracellulära processer. Kursens andra halva skall ge färdighet i att med bioinformatisk metodik kunna analysera DNA-sekvenser, proteinstrukturer och kompletta genom.

Innehåll

Kinetik och sannolikhetsteori tillämpat på biokemiska processer. Kopietalsreglering av plasmider, tidsförskjutningar, oscillationer, stabilitetsegenskaper, stokastiska effekter, kritiska punkter, amplifiering av små kemiska fluktuationer, svaga signaler och starka svar, katastrofer i instabila biosystem. Interaktioner mellan proteiner och nukleinsyror. Genetisk drift, sekvensevolution, ackumulation av mutationer, mutation-selektions balanser.

Datorprogram för analyser av DNA-sekvenser, proteinstrukturer och kompletta genom. Problemlösning med bioinformatiska verktyg och kritisk utvärdering av erhållna resultat. Algoritmerna bakom de bioinformatiska metoderna. Planering, genomförande, utvärdering samt muntlig och skriftlig redovisning av problembaserade projektarbeten inom bioinformatik.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar, räkneövningar, seminarier, datorövningar, laborationer, litteraturuppgifter och projektarbeten. Deltagande i räkneövningarna, seminarierna, datorövningarna, laborationer, litteraturuppgifter och projektarbeten är obligatoriskt. Kursen ges eventuellt på engelska.

Examination

Prov anordnas under kursens gång och vid slutet av kursen. Obligatoriska inlämningsuppgifter ges under kursens gång. För att kursen skall bedömas med betyget godkänd eller väl godkänd krävs att datorövningar, inlämningsuppgifter och projektarbeten är godkända. För studenter som ej godkänts i prov anordnas extra provtillfällen vid höstterminens början, vid juluppehållet och vid vårterminens slut.