Behörighetskrav

120 hp, inklusive alt. 1) 40 p/60 hp biologi samt 20 p/30 hp kemi eller 20 p/30 hp geovetenskap. alt. 2) 60 p/90 hp biologi.

Mål

Mikroorganismer uppvisar en oerhörd mångfald och är samtidigt av avgörande betydelse för processer i vår miljö, där de har en nyckelroll såväl för omsättning av näringsämnen och biomassa som för nedbrytning av miljögifter och produktion av växthusgaser. De övergripande målen med kursen är att ge en fördjupad kunskap om bakterier, arkéer och virus genetiska och funktionella mångfald i olika ekosystem, samt en grundläggande förståelse för de metoder som används inom området. Efter deltagande i kursen skall studenten:

• Kunna redogöra för vanligt förekommande grupper av bakterier och arkéer i olika ekosystem, samt deras inblanding i biogeokemiska nyckelprocesser i dessa miljöer.
• Kunna förstå och redogöra för odlingsoberoende metoder för studier av mikrobiella samhällens sammansättning, och för enskilda gruppers funktion och förekomst.
• Kunna förstå och redogöra för genomik-baserade metoder för att studera mikrobiell mångfald i naturen, och för de mekanismer som ligger till grund för densamma.
• Kunna översiktligt redogöra för betydelsefulla interaktioner inom mikrobiella samhällen, och mellan mikroorganismer och olika växter och djur.
• Kunna värdera, syntetisera och presentera vetenskapliga studier av genetisk och funktionell mikrobiell mångfald i olika ekosystem.
• Ha erhållit praktisk erfarenhet av de bioinformatiska verktyg och databaser som vanligen används för att studera mikrobiell mångfald.

Innehåll

Kursen består av föreläsningar om mikrobiell mångfald i akvatiska och terrestra system, samt i olika typer av extrema miljöer och andra modellsystem. Tyngdpunkten ligger dels på de molekylära metoder som används inom forskningsfältet, dels på vilken betydelse mångfald har för mikrobiella samhällens funktion i olika ekosystem, samt på de mekanismer som skapar och reglerar mångfald inom mikrobiella samhällen. De senaste teknikerna och rönen inom metagenomiken, dvs. direkt DNA-sekvensering av hela mikrobiella samhällen från olika ekosystem, diskuteras ingående. Praktiska element förekommer också på kursen i form av övningar med datorbaserade verktyg (mjukvara och databaser) som används inom forskningsfältet. Studiebesök vid forskningslaboratorier verksamma inom området planeras för att visa på hur mikrobiell mångfald utforskas och utnyttjas för en uthålligt samhällsutveckling. Under kursens senare del genomför studenterna en litteratursammanställning inom ett fördjupningsområde som bestäms i samråd med kursledningen. Denna litteraturöversikt presenteras såväl skriftligt som muntligt i seminarieform.

Teori: 6 hp

Övningar/Laborationer: 1 hp

Eget fördjupningsarbete: 3 hp

Undervisning

Undervisningen består av föreläsningar och laborationer.

Examination

För att kursen skall bedömas med betyget godkänt krävs godkänt på skriftlig tentamen motsvarande 6 hp, godkända laborationer motsvarande 1 hp, samt godkänt fördjupningsarbete motsvarande 3 hp.