Allmänt

Uppdragsutbildning av 3FF575/275 Farmaceutisk bioinformatik.

Ersätter tidigare kurs 8FF575.

Kursen kan inte ingå i examen tillsammans med Farmaceutisk bioinformatik med sekvensanalys 3FF276 då innehållet delvis överlappar.

Behörighetskrav

Individuell bedömning

Mål

Kursen syftar till att ge grundläggande kunskaper om hur bioinformatiska verktyg kan användas för att lösa problem inom farmakologi, farmaci och läkemedelskemi/farmaceutisk kemi. Målet är att studenten efter genomgången kurs skall kunna:

* förstå och beskriva hur bioinformatiska verktyg kan användas inom läkemedelsforskning

* använda bio- och kemoinformatiska programvaror, t.ex. för sekvens-alignment, 3D-visualisering och struktur-aktivitetsbaserade metoder såsom proteokemometri

* söka relevant information i biologiska och kemiska databaser

* beräkna potentiella läkemedels egenskaper (deskriptorer), korrelera dessa till målproteinsinteraktioner genom bioinformatisk modellering

* tolka och validera resultat från ovannämnda metoder

Innehåll

Kursen omfattar grunderna till hur bioinformatik kan användas inom farmaci, t.ex. vid utveckling av nya läkemedel. Fokus ligger på förståelse och användande av programvaror snarare än de underliggande matematiska teorierna. Kursen innehåller introduktion och historik till farmaceutisk bioinformatik, biologiska och kemiska databaser, teori och metoder för analys av experimentella data, design av experiment, beräkning av läkemedelskandidaters egenskaper, proteokemometri, dockning, mikroarrayer och virtuell läkemedelsscreening.

Undervisning

Kursen är Internetbaserad och sker på halvfart. Undervisningen bedrivs i form av handledda självstudier främst via webbaserad undervisningsplattform, som också utnyttjas för gruppövningar, diskussioner och inlämningsuppgifter. Kommunikation mellan deltagare och lärare sker via webbplatsen samt via e-post. Obligatoriska moment är inlämningsuppgifter, vilket sker via webbplatsen.

Examination

Skriftlig tentamen (provkod) vid kursens slut samt godkända obligatoriska moment (provkod). Möjlighet att komplettera icke godkända obligatoriska moment kan beredas tidigast vid nästa kurstillfälle och endast i mån av plats. Varje student har rätt till sammanlagt sex provtillfällen, dvs. ett prov och fem omprov.