Behörighetskrav

Organisk kemi med analytiska tekniker. Cellbiologi. Termodynamik. Matematisk statistik. Programmeringsteknik I. Beräkningsvetenskap I.

Syfte

Kursen skall ge grundläggande kunskaper och förståelse för den teori (strukturbiologi, enzymologi, mönsterigenkänning) som ligger till grund för utveckling av nya bioinformatiska analysverktyg. Kursen skall också ge färdigheter i hur bioinformatiska verktyg används i praktiken och hur den underliggande teorin kan utnyttjas för att tolka resultaten från olika analyser.

Innehåll

Biologiska databaser, servrar och informationscentra. Sekvensjämförelser. Grundläggande makromolekylär struktur: tredimensionell struktur, PDB-koordinater, klassificering av proteiner i strukturfamiljer, program för modellbygge. Relation mellan sekvens, struktur och funktion. Introduktion till teorin för klassificering och jämförelse av sekvenser och extraktion av gemensamma särdrag (t.ex. motiv). Datormodellering av tredimensionell struktur baserad på sekvensdata; sekvensanalys för modellering av sekundär och tertiär struktur. Introduktion till hur metoder för mönsterigenkänning som lär sig från exempel (t.ex. Hidden Markov Models och artificiella neuronnät) kan användas för utveckling av nya bioinformatiska analysverktyg. Fylogeni. Strukturbaserad läkemedelsutveckling. Sekvens och struktur av membranproteiner. Analys av expressionsdata (mikroarrayer).

Datorövningar: Sekvensdatabaser. Hidden Markov Models. Strukturdatabaser. Strukturanalys. Homologimodellering. Strukturprediktion. Analys av expressionsdata.

Undervisning

Föreläsningar och datorövningar

Examination

Hemuppgifter och skriftligt prov vid kursens slut. I kursen ingående laborationer/övningar är poängsatta med 1 poäng.