Behörighetskrav

Matematisk statistik. Programmeringsteknik II. Diskreta strukturer inom bioinformatik II. Datastrukturer. Kunskapsbaserade system inom bioinformatik.

Syfte

Kursen syftar till att ge fördjupade kunskaper och förståelse för hur booleska metoder kan användas för att stödja regelbaserad modellering inom livsvetenskaperna med utgång i stora mängder av data såsom t.ex. genexpressions-, molekylära interaktions-, annotationsdata och kombinationer av kliniska och genomiska data. Kursen skall skapa en fördjupad förståelse för hur avancerade lärande system och kunskapssystem kan användas för att lösa bioinformatiska problem.

Innehåll

Introduktion till booleska funktioner. Transformation och förenkling av booleska uttryck. Information, beslutsystem och rough sets. Egenskaper och dess syntes och urval. Träning och validering av modeller. Statiska egenskaper av modeller. Exempel av tillämpningar inom livsvetenskaperna inkluderar: klassificering med hjälp av expressionsdata, prediktering av genfunktion från expressionstidsprofiler och genomiska databaser, modellering av transkriptionsmekanismer, ligand-receptor bindningar, drogresistens, prediktering av proteinfunktion från struktur och modellering med hjälp av kliniska och genomiska data. Föreläsningar varvas med datorlaborationer med verkliga och syntetiska data.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier, datorövningar, inlämningsuppgifter och projektarbete.

Examination

Skriftlig tentamen vid kursens slut samt hemuppgifter. För godkännande krävs också godkänt projekt.