Kursplan för Bioinformatiska analyser I

Bioinformatic Analyses I

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1BG311
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi A1N, Teknik A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2007-03-15
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2019
  • Behörighet: 120 hp inklusive (1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap, eller (2) 90 hp biologi.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Kursen fokuserar på jämförande sekvensanalyser och publika databaser. Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • identifiera och välja lämpliga publika databaser för att lösa ett givet biologiskt problem
  • förklara principerna för kostnadsbaserade sekvensinpassningar
  • skissera processen att gå från sekvens(rå)data till ett annoterat genom och förklara de olika teknikerna som används
  • välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem
  • implementera enklare algoritmer för datahantering i Perl
  • kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat
  • Innehåll

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på sekvensdata (DNA/RNA och protein) och innehåller följande moment och aspekter:

Publika bioinformatiska databaser, deras utformning och sökverktyg. Sammanläggning av sekvensfragment. Identifiering av kodande sekvenser. Parvis och multipel sekvensinpassning, heuristiska metoder för sekvensinpassning. Annotering av genom.

Bioinformatisk programvara och Linuxmiljö. Automatisering av bioinformatiska analyser med hjälp av Perl.

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 2 hp; projekt 1 hp

Undervisning

Undervisningen ges i form av datorbaserad nätundervisning, föreläsningar, datorövningar och projektuppgift.

Examination

För godkänd kurs krävs att samtliga datorövningar motsvarande 2 hp och projektuppgift motsvarande 1 hp har redovisats skriftligen och är godkända. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov motsvarande 2 hp. 
 
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t ex vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 30, 2019

Nätbaserat material och kompendier