Kursplan för Bioinformatiska analyser IIa
Bioinformatic Analyses IIa
Kursplan
- 5 högskolepoäng
- Kurskod: 1BG337
- Utbildningsnivå: Avancerad nivå
-
Huvudområde(n) och successiv fördjupning:
Biologi A1N,
Teknik A1N
Förklaring av koder
Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:
Grundnivå
- G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
- G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
- G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
- G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
- G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
- GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras
Avancerad nivå
- A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
- A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
- A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
- A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
- AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras
- Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
- Inrättad: 2007-03-15
- Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
- Reviderad: 2018-09-17
- Reviderad av: Naturvetenskapliga utbildningsnämnden
- Gäller från: HT 2019
-
Behörighet:
Bioinformatiska analyser I. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
- Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning
Mål
Kursen fokuserar på evolutionära analyser och analyser av biologisk mångfald. Efter kursen skall studenten kunna
- förklara och motivera olika modeller för sekvensevolution
- förklara och värdera olika fylogenetiska optimalitetskriterier samt välja lämpligt kriterium för att lösa ett givet problem
- skissera och tillämpa processen att utföra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten
- förklara principerna för aktuella multivariata metoder
- välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem
- kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat
Innehåll
Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på evolutionära analyser och innehåller följande moment och aspekter:
Modeller för sekvensevolution och statistiska sekvensjämförelser. Fylogenianalys; träd och nätverk, parsimoni, distansmetoder, sannolikhetsbaserade metoder (maximum likelihood och Bayesiansk inferens). Multivariata metoder för datareduktion och visualisering (PCA och MDS).
Undervisning
Undervisningen ges i form av datorbaserad nätundervisning,datorövningar och projektuppgift.
Examination
Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 2 hp; projekt 1 hp
Teoridelen examineras med ett skriftligt prov . Delkurserna datorövningar och projekt redovisas skriftligen.
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.
Litteratur
Litteraturlista
Gäller från: HT 2019
I bibliotekets söktjänst kan du se om en titel finns elektroniskt.
Nätbaserat material.