Kursplan för Makromolekylers struktur och funktion

Mål

Det övergripande målet med denna kurs är att ge studenten avancerade kunskaper om relationen mellan makromolekylers struktur och funktion.

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• redogöra för grunderna för biologiska makromolekylers uppbyggnad och egenskaper
• förklara strukturella mekanismer för hur viktiga biologiska processer sker och kontrolleras: t.ex. katalys, cellsignalering och proteinsyntes
• redogöra för principerna för de viktigaste metoderna för strukturbestämning: röntgenkristallografi, NMR och elektronmikroskopi och analysera kvaliteten hos de modeller som metoderna leder till
• analysera makromolekylers struktur med hjälp av molekylgrafikprogram
• använda databaser med information om makromolekylers sekvens, struktur och funktion
• använda metoder för förutsägelse av egenskaper, struktur och funktion hos makromolekyler samt analysera och kritiskt granska dessa resultat
• förklara grundläggande koncept och kritiskt granska relativa styrkor och svagheter hos metoder i strukturbioinformatik och beräkningsbiokemi
• läsa, summera, kritiskt granska, diskutera och presentera vetenskaplig litteratur inom kursens område muntligt och skriftligt

Innehåll

Grundläggande strukturbiologi och strukturell bioinformatik

Grundläggande makromolekylär struktur, proteiner, DNA och RNA. Metoder för experimentell strukturbestämning av makromolekyler. Biologiska sekvens- och strukturdatabaser. Samband mellan sekvens, struktur och funktion. Analys av makromolekylers struktur med hjälp av molekylgrafik-program. Förutsägelse av makromolekylers egenskaper, struktur och funktion baserat på sekvensdata. Strukturanalys och klassificering av proteiner i strukturfamiljer.

Cellens strukturbiologi

Makromolekylära struktur -funktionssamband inom exempelvis enzymkatalys, signalering, transkription och proteinsyntes. Bindningsspecificitet och reglering av enzymer och receptorer. Introduktion till strukturbaserad läkemedelsutveckling. Kritisk läsning av vetenskapliga artiklar inom kursens område.

Introduktion till beräkningsbiokemi

Introduktion till datormodellering av ligandbindning, proteinveckning och enzymkatalys.

Projektarbete

Projektarbete innehållande litteraturstudier och bioinformatiska analyser inom kursens område.

Undervisning

Undervisningen sker i form av föreläsningar, datorövningar, laborationer, seminarier och projekt. Deltagande i datorövningar, laborationer, seminarier och projekt är obligatoriskt.

Examination

Delkurser: Teori 7 hp; Seminarier, datorövningar och laborationer 3,5 hp; Projekt 3 hp; Skriftlig rapport i beräkningsbiokemi 1,5 hp.

Teorin examineras genom skriftliga prov. Seminarier, datorövningar och laborationer fordrar aktivt deltagande. Projektet examineras genom skriftlig och muntlig redovisning.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Övriga föreskrifter

Kan ej ingå i samma examen som 1BG351 Biomolekylers struktur och funktion 10 hp.