Kursplan för Allmän och molekylär systematik

Fundamental and Molecular Systematics

Kursplan

  • 10 högskolepoäng
  • Kurskod: 1BG393
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå

    • G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    • G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    • G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    • GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

    Avancerad nivå

    • A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    • A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    • A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    • AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2012-03-08
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2021-10-19
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: HT 2022
  • Behörighet: Kandidatexamen inklusive (1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap, samt genomgången kurs Alfataxonomiska principer 5 hp, eller (2) 90 hp biologi, samt genomgången kurs Alfataxonomiska principer 5 hp. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • diskutera och tillämpa principer för avgränsning och identifiering av arter och andra taxa
  • redogöra för fältets centrala koncept samt principer för fylogenianalys, speciellt baserat på parsimonikriteriet
  • diskutera och tillämpa metoder för att generera relevanta molekylära data, främst sekvensdata
  • välja och tillämpa existerande programvara i de moment som ingår i kursen, från att generera relevanta molekylära data till fylogenianalys
  • kritiskt analysera, värdera, sammanställa och presentera resultatet från fylogenianalyser.

Innehåll

Kursen behandlar centrala koncept inom allmän och molekylär systematik, tekniker för insamling av molekylära data och grundläggande metoder för fylogenianalys. Systematiska frågeställningar och metoder för att adressera dessa; fylogenetiska träd, homologibegreppet, klassificering. Fylogenianalys; karaktärer och karaktärskodning, sekvensinpassning, parsimonikriteriet och andra optimalitetskriterier, trädsökning, stickprovsfel och stöd, praktisk fylogenianalys. Avgränsning och identifiering av taxa; artbegrepp, kriterier och metoder för att avgränsa arter i praktiken, identifiering av arter med DNA sekvenser. Molekylära data; typer av molekylära data för fylogenianalys och identifiering, extraktion, amplifiering och sekvensering av DNA.

Undervisning

Kursen består av föreläsningar, seminarier och laborationer.

Examination

Delkurser: Teori 5 hp; Laborationer 5 hp
Teoridelen examineras med skriftligt prov, skriftlig rapport och seminarier. Laborationsdelen har obligatorisk
närvaro med muntliga och skriftliga redovisningar.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: HT 2022

I bibliotekets söktjänst kan du se om en titel finns elektroniskt.

  • Baum, David A.; Smith, Stacey D. Tree thinking : an introduction to phylogenetic biology

    Greenwood Village, Colo.: Roberts, c2013

    Se bibliotekets söktjänst