Kursplan för Allmän och molekylär systematik

Fundamental and Molecular Systematics

Kursplan

  • 10 högskolepoäng
  • Kurskod: 1BG393
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2012-03-08
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2019
  • Behörighet: 150 hp avklarade kurser inklusive alt. 1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap alt. 2) 90 hp biologi.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • diskutera och tillämpa principer för avgränsning och identifiering av arter och andra taxa
  • redogöra för fältets centrala koncept samt principer för fylogenianalys, speciellt baserat på parsimonikriteriet
  • diskutera och tillämpa metoder för att generera relevanta molekylära data, främst sekvensdata
  • välja och tillämpa existerande programvara i de moment som ingår i kursen, från att generera relevanta molekylära data till fylogenianalys
  • kritiskt analysera, värdera, sammanställa och presentera resultatet från fylogenianalyser.

Innehåll

Kursen behandlar centrala koncept inom allmän och molekylär systematik, tekniker för insamling av molekylära data och grundläggande metoder för fylogenianalys. Systematiska frågeställningar och metoder för att adressera dessa; fylogenetiska träd, homologibegreppet, klassificering. Fylogenianalys; karaktärer och karaktärskodning, sekvensinpassning, parsimonikriteriet och andra optimalitetskriterier, trädsökning, stickprovsfel och stöd, praktisk fylogenianalys. Avgränsning och identifiering av taxa; artbegrepp, kriterier och metoder för att avgränsa arter i praktiken, identifiering av arter med DNA sekvenser. Molekylära data; typer av molekylära data för fylogenianalys och identifiering, extraktion, amplifiering och sekvensering av DNA.

Undervisning

Kursen består av föreläsningar, seminarier och laborationer.

Examination

Delkurser: Teori 5 hp; Laborationer 5 hp
Teoridelen examineras med skriftligt prov, skriftlig rapport och seminarier. Laborationsdelen har obligatorisk
närvaro med muntliga och skriftliga redovisningar. 
 
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t ex vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 30, 2019

  • Baum, David A.; Smith, Stacey D. Tree thinking : an introduction to phylogenetic biology

    Greenwood Village, Colo.: Roberts, c2013

    Se bibliotekets söktjänst