Kursplan för Systematikens verktygslåda - informatik
Informatics Toolbox for Systematics
Kursplan
- 5 högskolepoäng
- Kurskod: 1BG395
- Utbildningsnivå: Avancerad nivå
-
Huvudområde(n) och successiv fördjupning:
Biologi A1F,
Tillämpad bioteknik A1F
Förklaring av koder
Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:
Grundnivå
G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.Avancerad nivå
A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras. - Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
- Inrättad: 2012-03-08
- Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
- Reviderad: 2021-02-11
- Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
- Gäller från: vecka 30, 2021
- Behörighet: 150 hp inklusive (1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap, eller (2) 90 hp biologi, i båda fallen inklusive Allmän och molekylär systematik, 10 hp, eller Evolutionära mönster, 15 hp. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
- Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning
Mål
Kursen syftar till att ge studenten en uppsättning verktyg (i form av Perl, relationsdatabaser och R) för att hantera, lagra, strukturera, analysera och visualisera data i ett molekylärsystematiskt projekt.
Efter godkänd kurs ska studenten kunna:
- välja och tillämpa existerande applikationer i Perl, relationsdatabaser och R
- utforma enklare relationsdatabaser
- skriva nya eller modifiera existerande kod (i Perl, SQL och R) för att lösa enklare problem
- skissera lösningar på informationsflöde baserat på Perl, R och SQL för ett systematiskt forskningsprojekt
Innehåll
Kursen presenterar och använder de inom bioinformatiken populäraste öppna miljöerna för att utforma praktiska lösningar på konkreta problem inom systematiken.
- Automatisering av bioinformatisk datahantering; tillämpning av bioinformatik, från process till algoritm, att lösa problem genom programmering.
- Biologiska relationsdatabaser; vanliga databastyper, utformning av relationella databaser, datahantering med SQL.
- Automatisering med Perl; grundläggande syntax och logik, referenser, subrutiner och moduler, reguljära uttryck, filhantering, Perl DBI.
- Numerisk dataanalys med R; datastrukturer, import av data, visualisering, programpaket i R, gränsyta mot databaser.
- Programmering för webben; Apache web server, HTML, Perlprogrammering för webben och CSS.
Undervisning
Undervisningen ges i form av nätundervisning
Examination
Delkurser: Teori 2 hp, Laborationer 3 hp
Teoridelen examineras genom aktivt deltagande i webbseminarier och webbfora. Laborationerna examineras genom inlämningsuppgifter.
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.
Litteratur
Litteraturlista
Gäller från: vecka 30, 2021
I bibliotekets söktjänst kan du se om en titel finns elektroniskt.
-
Bessant, Conrad;
Oakley, Darren;
Shadforth, Ian
Building bioinformatics solutions : with Perl, R, and SQL
Second edition.: Oxford, United Kingdom: Oxford University Press, 2014