Kursplan för Systematikens verktygslåda - informatik

Informatics Toolbox for Systematics

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1BG395
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi A1F, Tillämpad bioteknik A1F

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2012-03-08
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2019
  • Behörighet: 150 hp inklusive (1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap, eller (2) 90 hp biologi, i båda fallen inklusive Allmän och molekylär systematik, 10 hp, eller Evolutionära mönster, 15 hp.
    Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Kursen syftar till att ge studenten en uppsättning verktyg (i form av Perl, mySQL och R) för att hantera, lagra, strukturera, analysera och visualisera data i ett molekylärsystematiskt projekt.
Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • välja och tillämpa existerande applikationer i Perl, mySQL och R
  • utforma enklare databaser i mySQL
  • skriva nya eller modifiera existerande skript (i Perl, SQL och R) för att lösa enklare problem
  • skissera lösningar på informationsflöde baserat på Perl, R och SQL för ett systematiskt forskningsprojekt

Innehåll

Kursen presenterar och använder de inom bioinformatiken populäraste öppna miljöerna för att utforma praktiska lösningar på konkreta problem inom systematiken.
- Automatisering av bioinformatisk datahantering; tillämpning av bioinformatik, från process till algoritm, att lösa problem genom programmering
- Biologiska databaser med mySQL; vanliga databastyper, utformning av relationella databaser, konfigurering av mySQL server, datahantering med SQL
- Automatisering med Perl; grundläggande syntax och logik, referenser, subrutiner och moduler, reguljära uttryck, filhantering, Perl DBI
- Numerisk dataanalys med R; datastrukturer, import av data, visualisering, program i R, multivariat dataanalys (anhopning, PCA, klassificering) i R, programpaket i R, gränsyta mot mySQL
- Programmering för webben; Apache web server, HTML och XHTML, CGI med Perl, CSS, Ecmascript, visualisering med Perl, CGI och R

Undervisning

Undervisningen ges i form av nätundervisning

Examination

Delkurser: Teori 2 hp, Laborationer 3 hp
Teoridelen examineras med ett datorbaserat prov 
 
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t ex vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 30, 2019

  • Bessant, Conrad; Oakley, Darren; Shadforth, Ian Building bioinformatics solutions : with Perl, R, and SQL

    Second edition.: Oxford, United Kingdom: Oxford University Press, 2014

    Se bibliotekets söktjänst