Behörighetskrav

150 hp avslutade kurser, inklusive alt. 1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap, alt. 2) 90 hp biologi.

Mål

Kursen fokuserar på teori och metoder som kan appliceras på data från storskalig sekvensering för att belysa olika evolutionära frågeställningar. Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• sätta samman råsekvensdata till genomsekvenser och/eller inpassa dem till existerande referensgenomsekvenser
• välja sekvensteknologi och tillämpa existerande programvaror för givna biologiska problem
• redogöra för och diskutera evolutionära processer på molekylär nivå och genomnivå
• redogöra för principerna kring inferens av evolutionära mekanismer baserad på genomisk variation
• redogöra för principerna kring analys av DNA-sekvenser och genuttryck
• redogöra för de krafter och mekanismer som styr förändringar i genomets struktur och storlek och kunna sätta in dessa i ett evolutionärt/fylogenetiskt perspektiv
• redogöra för kopplingen mellan evolution på molekylär och fenotypisk nivå
• självständigt använda statistiska metoder för att återskapa och analysera evolutionära processer på DNA-nivå
• självständigt använda datorbaserade metoder för genomanalys av genuttryck
• kritiskt granska och kommunicera principer, problem och forskningsresultat

Innehåll

Kursen inkluderar följande delmoment:

Storskalig sekvensering: Sammanställning av råsekvensdata till sammansatta genom. Inpassning av råsekvensdata till existerande referensgenom. Principer för annotering av gener och annan biologisk information. Analys av genuttryck med storskalig sekvensering av RNA.

Populationsgenomik: Krafter som styr evolution av DNA-sekvenser (mutation, drift, selektion, rekombination), genetisk variation inom och mellan populationer, statistisk analys av DNA-sekvenser, associationskartering

Genuttryck: Naturlig variation i geners reglering/uttryck och dess betydelse för evolutionen

Genomevolution: Mekanismer som styr genomens arkitektur och innehåll, såsom t.ex. duplicering av gener och genom, horisontell genöverföring och förlust av gener. Evolutionära samband mellan genomiska och fenotypiska förändringar

Undervisning

Undervisningen inkluderar föreläsningar, datorlaborationer, seminarier och projektarbete. Deltagande i datorlaborationer, seminarier och projektarbeten är obligatoriskt.

Examination

Delkurser: Teori 5 hp; Laborationer 3 hp; Seminarier 2 hp; Projektarbete 5 hp.

Teoridelen examineras genom ett skriftligt prov. Delkursen laborationer fordrar genomförda laborationer samt laborationsrapporter. Seminarierna fordrar aktivt deltagande och delkursen projektarbete redovisas muntligen och skriftligen.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.