Kursplan för Molekylär igenkänning i biologiska system

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• förklara molekylär igenkänning utifrån grundläggande strukturella, mekanistiska, kinetiska och termodynamiska principer
• förklara vanligt förekommande begrepp för att beskriva molekylära interaktioner, såsom t.ex. affinitet, specificitet, selektivitet och aviditet
• jämföra hur vanligt förekommande biologiska, biokemiska och biofysikaliska metoder för studier av molekylära interaktioner fungerar och argumentera för val av metod utifrån vilken information de kan tillhandahålla
• beskriva och analysera tredimensionella strukturer av biomakromolekylers komplex med andra molekyler samt kunna använda datorbaserade molekylgrafiska metoder för detta
• diskutera biologiskt relevanta aspekter av makromolekylers interaktioner med andra makromolekyler och ligander
• sammanfatta och beskriva princip och användning för diagnostiska ändamål av en aktuell metod baserad på molekylär igenkänning

Innehåll

Molekylära interaktionsmekanismer och krafter mellan molekyler: selektivitet, affinitet, kinetik och termodynamik.

Interaktioners beroende av den omgivande miljön.

Struktur och dynamik hos biomakromolekyler och deras komplex: selektivitet, multivalens, aviditet.

Olika typer av biomolekylära interaktioner: protein-ligand, protein­-protein, DNA-protein­, RNA-­protein och lipid-protein.

Inhibering av interaktioner.

Tillämpningar: design av ligander, modifiering av proteiner och nukleinsyror för förändring av deras interaktioner med andra makromolekyler eller ligander.

Biologiska, biokemiska och biofysikaliska metoder för identifiering och karaktärisering av molekylära interaktioner.

Modellering av interaktioner med molekylgrafik och strukturinformation.

Bioinformatisk analys av protein-protein interaktioner.

Exempel på hur biologiska system kan beskrivas utifrån ingående molekylära interaktioner.

Tillämpningar av interaktionsanalyser inom livsvetenskaplig forskning, läkemedelsutveckling och diagnostik.

Undervisning

Undervisningen sker i form av föreläsningar samt laborativa och teoretiska övningar och projekt. Övningar och projekt är obligatoriska och utföres individuellt.

Examination

Ett skriftligt prov anordnas i slutet av kursen (10 hp). Laborationer, övningar och projekt examineras under kursens gång och motsvarar 5 hp. Slutbetyg ges som ett viktat medelbetyg av det skriftliga provet och övriga examinerade moment.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Övriga föreskrifter

Kursen kan ej tillgodoräknas tillsammans med 1KB454 Molekylär igenkänning i biologiska system, 15 hp.