Kursplan för Bioinformatisk strukturbiologi

Structural Bioinformatics

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB204
  • Utbildningsnivå: Grundnivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi G2F, Teknik G2F

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå

    • G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    • G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    • G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    • GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

    Avancerad nivå

    • A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    • A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    • A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    • AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2016-03-08
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2021-09-20
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: HT 2022
  • Behörighet: 60 hp inom Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik varav 15 hp kemi. Genomgången Cellbiologi varav 6 hp ska vara avklarade.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • förklara sambandet mellan proteinsekvens och proteinstruktur
  • beskriva hur struktur leder till funktion inom olika biologiska områden såsom katalys, transport och reglering
  • bedöma validiteten hos information i makromolekylära strukturdatabaser, samt använda datorprogram för att visualisera och analysera makromolekylära strukturer utifrån funktionella frågeställningar
  • använda bioinformatiska verktyg för sekvensinpassning, motivigenkänning och förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur
  • redogöra för mål, teoretisk bakgrund och begränsningar hos ovanstående bioinformatiska metoder och använda denna kunskap till att tolka resultat.

Innehåll

Relation mellan sekvens, struktur och funktion. Strukturell bakgrund till makromolekylers dynamik, bindningsspecificitet och katalys
Översikt av biologiska databaser, servrar och informationscentra. Sekvensjämförelser. Grundläggande makromolekylär struktur: tredimensionell struktur, PDB-koordinater, klassificering av proteiner i strukturfamiljer, program för analys och jämförelse av strukturer. Introduktion till teorin för klassificering och jämförelse av sekvenser och extraktion av gemensamma särdrag (t.ex. motiv). Sekvensanalys för förutsägelse av sekundär och tertiär struktur, homologimodellering av tredimensionell struktur.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorövningar. Närvaro vid seminarier och deltagande i datorövningar är obligatorisk.

Examination

Skriftligt prov (3 hp), laborationer, övningar och seminarier (2 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Uppgift om kurslitteratur saknas. Ta kontakt med ansvarig institution för mer information.