Kursplan för Genomik - experimentella metoder

Genomics: Experimental Methods

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB321
  • Utbildningsnivå: Grundnivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi G2F, Teknik G2F

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2009-03-16
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2019
  • Behörighet: 60 hp inom civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Bioinformatisk strukturbiologi och en av kurserna Bioorganisk kemi eller Grundläggande organisk kemi.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs skall studenten kunna:

  • beskriva genomets funktion hos människan och modellorganismer
  • redogöra för metoder för att studera genom, såsom microarray-analyser, associationsstudier (GWAS), sekvensering av genom och transkriptom, och utvärdera kvalitén på data från sådana studier
  • beskriva metoder för att modifiera genom (t.ex. med CRISPR) samt översiktligt beskriva metoder att studera proteom och metabolom
  • konstruera strategier för att experimentellt angripa givna biologiska och biomedicinska frågeställningar med av kursen behandlad metodik och utvärdera resultat från sådana experiment
  • beskriva och utvärdera de forskningsmässiga, kommersiella och etiska konsekvenserna för samhället av utvecklingen inom genomik, funktionsgenomik och systembiologi

Innehåll

Kursen innehåller teori kring genomstruktur med fokus på det mänskliga genomet. Hur genom, transkriptom, proteom, och metabolom förhåller sig till och reglerar varandra. Genomvariation och dess betydelse för fenotypisk variation och sjukdomar. Moderna storskaliga metoder för analyser av dessa områden presenteras, inklusive hur storskaliga plattformar fungerar logistiskt och hur processer kvalitetssäkras. Bland de teknologier som behandlas ingår bl.a. sekvens- och hybridiseringsteknologi för genom- och transkriptomanalys samt proteom- och metabolomanalys. Vidare behandlas strategier att med hjälp av dessa teknologier finna och undersöka betydelsen av genomets variation för sjukdomstillstånd. Kursen tar även upp för samhället forskningsmässiga, kommersiella och etiska konsekvenser av utvecklingen inom detta område.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar och seminarier. Deltagande i seminarier är obligatoriskt.

Examination

Skriftlig tentamen (3 hp), seminarier och inlämningsuppgifter (2 hp). 
 
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t ex vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 30, 2019

  • Gibson, Greg A primer of human genetics

    Sunderland, Massachusetts, U.S.A.: Sinauer Associates, Inc., Publishers, [2015?]

    Se bibliotekets söktjänst