Kursplan för Bioinformatisk metodik

Methods in Bioinformatics

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB331
  • Utbildningsnivå: Grundnivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi G2F, Teknik G2F, Kemi G2F

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2009-03-16
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2019
  • Behörighet: 60 hp inom civiliingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Bioinformatisk strukturbiologi och Sannolikhet och statistik. Genomgången Databasteknik I och Programmeringsteknik II.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • förklara principerna för sekvensinpassning, mönsterigenkänning och fylogenianalys
  • konstruera bioinformatiska arbetsflöden och använda skript för datahantering
  • lösa givna biologiska problem genom att identifiera och använda lämpliga publika databaser samt välja och tillämpa existerande programvara
  • kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från bioinformatiska analyser

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på sekvensdata och innehåller följande moment och aspekter:

Publika bioinformatiska databaser, deras utformning och sökverktyg. Identifiering av kodande sekvenser. Parvis och multipel sekvensinpassning, heuristiska metoder för sekvensinpassning. Automatisering av bioinformatiska analyser med hjälp av skriptprogrammering. Modeller för sekvensevolution och statistiska sekvensjämförelser. Metoder för fylogenianalys och mönsterigenkänning.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar och datorövningar.

Examination

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 3 hp.

För godkänd kurs krävs att datorövningarna har redovisats skriftligen och muntligen och är godkända. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov. 
 
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t ex vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 30, 2019

  • Zvelebil, Marketa J.; Baum, Jeremy O. Understanding bioinformatics

    New York: Garland Science, c2008

    Se bibliotekets söktjänst

    Obligatorisk

Nätbaserat material