Kursplan för Bioinformatisk metodik

Methods in Bioinformatics

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB331
  • Utbildningsnivå: Grundnivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi G2F, Teknik G2F, Kemi G2F

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå

    • G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    • G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    • G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    • GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

    Avancerad nivå

    • A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    • A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    • A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    • AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2009-03-16
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: HT 2019
  • Behörighet: 60 hp inom civiliingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Bioinformatisk strukturbiologi och Sannolikhet och statistik. Genomgången Databasteknik I och Programmeringsteknik II.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • förklara principerna för sekvensinpassning, mönsterigenkänning och fylogenianalys
  • konstruera bioinformatiska arbetsflöden och använda skript för datahantering
  • lösa givna biologiska problem genom att identifiera och använda lämpliga publika databaser samt välja och tillämpa existerande programvara
  • kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från bioinformatiska analyser

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på sekvensdata och innehåller följande moment och aspekter:

Publika bioinformatiska databaser, deras utformning och sökverktyg. Identifiering av kodande sekvenser. Parvis och multipel sekvensinpassning, heuristiska metoder för sekvensinpassning. Automatisering av bioinformatiska analyser med hjälp av skriptprogrammering. Modeller för sekvensevolution och statistiska sekvensjämförelser. Metoder för fylogenianalys och mönsterigenkänning.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar och datorövningar.

Examination

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 3 hp.

För godkänd kurs krävs att datorövningarna har redovisats skriftligen och muntligen och är godkända. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: HT 2019

I bibliotekets söktjänst kan du se om en titel finns elektroniskt.

  • Zvelebil, Marketa J.; Baum, Jeremy O. Understanding bioinformatics

    New York: Garland Science, c2008

    Se bibliotekets söktjänst

    Obligatorisk

Nätbaserat material