Kursplan för Diskret beräkningsbiologi

Mål

Kursen skall ge kunskap om centrala begrepp inom bioinformatik, beräkningsbiologi och systembiologi, träning i abstraktion och modelleringsfärdigheter för att skapa och tolka beräkningsstrukturer samt förmåga att kunna använda ett datorbaserat explorativt tänkande och experimenterande inom livsvetenskaperna.

Efter godkänd kurs skall studenten kunna:

• använda datastrukturer och algoritmer för att självständigt utforma dataprogram som modellerar beräkningsbaserade problem inom livsvetenskaperna, relaterade till sekvens, struktur och funktion hos biologiska enheter
• tillämpa kunskaper inom diskret matematik för att kunna modellera levande system
• tillämpa tekniker för att hantera komplexiteten av problem och komplexiteten av algoritmer
• modellera grundläggande koncept i livsvetenskaperna såsom omorganisering av genom och annotering av en gen och dess produkter.

Innehåll

Introduktion till Scheme. Abstraktions- och modelleringsprinciper: rekursiva procedurabstraktioner och de processer de skapar; dataabstraktioner såsom sekvens och träd; muterbara datastrukturer, sökalgoritmer och giriga algoritmer, dynamisk programmering, dolda Markov-modeller. Sammansatta metoder tillämpade på utvalda biologiska problem: DNA-kartläggning och sekvensering, prediktion av gener , lokal och global sekvenslinjering samt omorganisation av genom.

Undervisning

Föreläsningar, datorövningar samt individuell handledning.

Examination

Skriftligt prov vid kursens slut (7 hp). Inlämningsuppgifter och datorövningar (3 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.