Kursplan för Diskret beräkningsbiologi

Discrete Computational Biology

Kursplan

  • 10 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB415
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Teknik A1N, Bioinformatik A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2010-03-16
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2019
  • Behörighet: 120 hp inklusive Bioinformatisk metodik, Sannolikhet och statistik, Programmeringsteknik II och Databasteknik I.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Kursen skall ge kunskap om centrala begrepp inom bioinformatik, beräkningsbiologi och systembiologi, träning i abstraktion och modelleringsfärdigheter för att skapa och tolka beräkningsstrukturer samt förmåga att kunna använda ett datorbaserat explorativt tänkande och experimenterande inom livsvetenskaperna.

Efter godkänd kurs skall studenten kunna:

  • använda datastrukturer och algoritmer för att självständigt utforma dataprogram som modellerar beräkningsbaserade problem inom livsvetenskaperna, relaterade till sekvens, struktur och funktion hos biologiska enheter
  • tillämpa kunskaper inom diskret matematik för att kunna modellera levande system
  • tillämpa tekniker för att hantera komplexiteten av problem och komplexiteten av algoritmer
  • modellera grundläggande koncept i livsvetenskaperna såsom omorganisering av genom och annotering av en gen och dess produkter.

Innehåll

Introduktion till Scheme. Abstraktions- och modelleringsprinciper: rekursiva procedurabstraktioner och de processer de skapar; dataabstraktioner såsom sekvens och träd; muterbara datastrukturer, sökalgoritmer och giriga algoritmer, dynamisk programmering, dolda Markov-modeller. Sammansatta metoder tillämpade på utvalda biologiska problem: DNA-kartläggning och sekvensering, prediktion av gener , lokal och global sekvenslinjering samt omorganisation av genom.

Undervisning

Föreläsningar, datorövningar samt individuell handledning.

Examination

Skriftligt prov vid kursens slut (7 hp). Inlämningsuppgifter och datorövningar (3 hp). 
 
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 30, 2019

  • Abelson, Harold Sussman, Gerald Jay; Sussman, Julie Structure and interpretation of computer programs

    2. ed.: Cambridge, Mass.: MIT Press ; a New York : b McGraw-Hill, cop. 1996

    Se bibliotekets söktjänst

    Obligatorisk

  • Jones, Neil C. Pevzner, Pavel. An introduction to bioinformatics algorithms

    Cambridge, MA: MIT Press, 2004

    Utvalda kapitel.

    Se bibliotekets söktjänst

    Obligatorisk