Kursplan för Genombioinformatik

Genome Bioinformatics

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB445
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Teknik A1F, Bioinformatik A1F

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå

    • G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    • G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    • G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    • GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

    Avancerad nivå

    • A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    • A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    • A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    • AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2010-03-16
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: HT 2019
  • Behörighet: 120 hp inklusive Genomik - experimentella metoder, Bioinformatisk metodik och Genombiologi.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Kursen fokuserar på bioinformatisk analys av storskalig sekvensdata.

Efter godkänd kurs skall studenten kunna:

  • sammansätta råsekvensdata till genomsekvenser och/eller inpassa dem till existerande referensgenomsekvenser
  • identifiera och annotera gener och annan kodande information i genomsekvenser samt kritiskt granska existerande annoteringar
  • analysera storskalig sekvensdata med avseende på t.ex. genuttryck, genomfunktion, genomevolution och variation inom populationer
  • identifiera evolutionärt och ekologiskt intressanta aspekter i storskalig sekvensdata
  • välja sekvensteknologi och tillämpa existerande programvaror för givna biologiska problem inom området
  • kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från storskaliga sekvensanalyser

Innehåll

Kursen behandlar bioinformatik med inriktning på analys av storskaliga sekvensdataset och innehåller följande moment och aspekter:

Metoder för storskalig sekvensering och dess olika appliceringar. Sammanställning av råsekvensdata till sammansatta genom. Inpassning av råsekvensdata till existerande referensgenom. Principer för annotering av gener och annan biologisk information, annoteringssystem, problematiken kring automatisering av annoteringsprocessen. Bioinformatiska aspekter på olika angreppssätt för att studera genomets funktion, variation och evolution med storskalig sekvensering. Bioinformatiska aspekter på metagenomik.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.

Examination

För godkänd kurs krävs deltagande i minst 80% av seminarierna och att samtliga datorövningar har redovisats skriftligen och är godkända (2 hp). Teoridelen examineras även genom ett skriftligt prov (3 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: HT 2019

I bibliotekets söktjänst kan du se om en titel finns elektroniskt.

Ingen obligatorisk kurslitteratur. För annotering används några delar från följande bok: