Kursplan för Proteomik och metabolomik

Proteomics and Metabolomics

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB448
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Teknik A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2017-03-07
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2019
  • Behörighet: 120 hp inom civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Bioteknisk metodik, Genomik - experimentella metoder och Multivariat dataanalys och försöksplanering.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • redogöra för mätmetoder för att studera proteom och metabolom, inklusive deras för- och nackdelar med avseende på t.ex. arbetsinsats, kostnader, känslighet och skalbarhet
  • utföra rådataanalys på insamlad mätdata, såsom identifiering och minimering av systematiska och slumpmässiga mätfel, konvertering till standardiserade format, kvalitetskontroll och identifiering av metaboliter och proteiner
  • redogöra för applikationer för proteomik och metabolomik inom biomedicin och biologi
  • välja mätmetoder och utföra grundläggande experimentell försöksplanering för givna biologiska och biomedicinska problem.

Innehåll

Introduktion till proteomik och metabolomik. Statistiska aspekter både före och efter design och genomförande av experiment inom proteomik och metabolomik. Mätmetoder med tillhörande metoder för rådataanalys avsedda att studera proteomet, särskilt masspektroskopi och antikroppsbaserade metoder. ätmetoder med tillhörande metoder för rådataanalys avsedda att studera metabolomet, särskilt masspektroskopi och NMR-spektroskopi. Grundläggande experimentell design vid analys med hjälp av mass- och NMR-spektroskopi. Publika databasresurser för centrala problem som t.ex.  spektrumbaserad identifiering av metaboliter och nätverksanalys av protein-protein interaktioner ("interactomics"). Biomedicinska och biologiska tillämpningsexempel inom farmakologi, patologi, toxikologi och cellbiologi.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier, och datorlaborationer.

Examination

Skriftlig tentamen (3 hp), seminarier datorlaborationer (2 hp). 
 
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t ex vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 30, 2019

Kompendium bestående av vetenskapliga artiklar och utdrag från lämplig ämnesspecifik litteratur