Kursplan för Fysikalisk molekylärbiologi

Physical Molecular Biology

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB449
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Teknik A1N, Biofysik A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå

    • G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    • G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    • G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    • GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

    Avancerad nivå

    • A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    • A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    • A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    • AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2017-03-07
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2021-10-26
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 28, 2022
  • Behörighet: Alternativ 1: 120 hp inom Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Sannolikhet och statistik, Kemisk termodynamik och Cellbiologi. Genomgångna Beräkningsvetenskap II och Transformmetoder. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

    Alternativ 2: 10 hp inom Masterprogrammet i biofysik inklusive genomgångna Programmeringsteknik I, Introduktion till statistik för livsvetenskaper, Introduktion till modern fysik och Beräkningsvetenskap för naturvetenskapliga tillämpningar. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

    Alternativ 3: 10 hp inom Masterprogrammet i biofysik inklusive genomgångna Introduktion till biokemi och Introduktion till molekylärbiologi. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • formulera kvantitativa dynamiska modeller av biokemiska reaktionsscheman
  • redogöra för fysikaliska principer som ligger bakom hastighet och noggrannhet i enzymatiska processer
  • simulera stokastiska och deterministiska reaktionsmodeller.

Innehåll

Reaktionskinetik och enzymkinetik: Reaktions- och diffusionskontroll, enzymkatalys, relaxationskinetik, separation av tidsskalor.
Irreversibel termodynamik: Energidissipation, noggrannhetoch korrekturläsning i kemiska reaktioner.
Icke-linjär deterministisk systemanalys: Fasrumsanalys, bifurkationsteori. Stabilitet och oscillationer i biologiska reglersystem.
Mesoskopisk kinetik: Stokastiska kemiska processer, beskrivning av stokastiska biologiska system med masterekvationen.
Reaktions-diffusionsmodeller: Beskrivning av rumsberoende kinetik med både partiella differentialekvationer och reaktions-diffusions-masterekvationer.
I kursen ingår programmeringsinlämningsuppgifter i MATLAB som behandlar några utvalda kontrollsystem, och illustrerar skillnaden mellan stokastisk och deterministisk analys. Dessutom ingår ett våtlabstillfälle där något exempel från kursen studeras med hjälp av fluorescensmikroskopi.

Undervisning

Föreläsningar, lektioner, laborationer och inlämningsuppgifter.

Examination

Skriftligt prov (3 hp), laborationer och inlämningsuppgifter (2 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 28, 2022

I bibliotekets söktjänst kan du se om en titel finns elektroniskt.

Ett kompendium kommer att delas ut till studenterna.