Kursplan för Fysikalisk molekylärbiologi

Physical Molecular Biology

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB449
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Teknik A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2017-03-07
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2019
  • Behörighet: 120 hp inom civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Transformmetoder, Sannolikhet och statistik, Kemisk termodynamik och Mikrobiologi. Genomgången Beräkningsvetenskap II.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • formulera kvantitativa dynamiska modeller av biokemiska reaktionsscheman
  • redogöra för fysikaliska principer som ligger bakom hastighet och noggrannhet i enzymatiska processer
  • simulera stokastiska och deterministiska reaktionsmodeller.

Innehåll

Reaktionskinetik och enzymkinetik: Reaktions- och diffusionskontroll, enzymkatalys, relaxationskinetik, separation av tidsskalor.
Irreversibel termodynamik: Energidissipation, noggrannhetoch korrekturläsning i kemiska reaktioner.
Icke-linjär deterministisk systemanalys: Fasrumsanalys, bifurkationsteori. Stabilitet och oscillationer i biologiska reglersystem.
Mesoskopisk kinetik: Stokastiska kemiska processer, beskrivning av stokastiska biologiska system med masterekvationen.
Reaktions-diffusionsmodeller: Beskrivning av rumsberoende kinetik med både partiella differentialekvationer och reaktions-diffusions-masterekvationer.
I kursen ingår programmeringsinlämningsuppgifter i MATLAB som behandlar några utvalda kontrollsystem, och  illustrerar skillnaden mellan stokastisk och deterministisk analys. Dessutom ingår ett våtlabstillfälle där något exempel från kursen studeras med hjälp av fluorescensmikroskopi.

Undervisning

Föreläsningar, lektioner, laborationer och inlämningsuppgifter.

Examination

Skriftligt prov (3 hp), laborationer och inlämningsuppgifter (2 hp). 
 
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t ex vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 30, 2019

Ett kompendium kommer att delas ut till studenterna.