Kursplan för Fylogenianalys

Phylogenetic Analysis

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB515
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Teknik A1F, Bioinformatik A1F

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2018-03-06
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-08-30
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2019
  • Behörighet: 120 hp samt Molekylär evolution
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • förklara och värdera olika fylogenetiska optimalitetskriterier samt välja lämpligt kriterium för att lösa ett givet problem
  • planera, utföra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten

Innehåll

Fylogenetiska träd och andra modeller för evolutionära släktskap. Optimalitetskriterier för val av hypotes. Substitutionsmodeller för DNA och andra datatyper. Superträd, konsensusträd, kompatibilitet mellan träd. Algoritmer för evaluering av trädrummet; Markov Chain Monte Carlo, genetiska algoritmer. Evaluering av resultat från fylogenianalyser, datering av fylogenier.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.

Examination

Skriftlig tentamen (3 hp), datorlaborationer (2 hp). 
 
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Uppgift om kurslitteratur saknas. Ta kontakt med ansvarig institution för mer information.