Kursplan för Populationsgenomisk analys

Population Genomic Analysis

Kursplan

  • 10 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB517
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Bioinformatik A1F, Biologi A1F

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå

    • G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    • G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    • G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    • GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

    Avancerad nivå

    • A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    • A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    • A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    • AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2021-03-02
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: HT 2021
  • Behörighet: 120 hp samt minst 5 hp av kursen Genomanalys. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Kursen syftar till att ge kunskap om teori och analysmetoder inom populationsgenomiken.

Efter godkänd kurs skall studenten kunna:

  • förklara populationsgenetiska/genomiska principer och lösa biologiska problem med hjälp av dessa.
  • analysera genomsekvensdata från ett stort antal individer, med avseende på t.ex. mappning av egenskap och identifiering av signaler från selektion.
  • använda simuleringar för att testa så väl som generera hypoteser, och jämföra med empiriska observationer.
  • identifiera relevanta populationsgenetiska problemställningar och formulera strategier för att lösa problemen.
  • kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från populationsgenomiska analyser.

Innehåll

Kursen behandlar populationsgenetikens principer; inklusive nedärvning, mendelsk genetik, allelfrekvenser, allelfrekvensspektrum, kopplingsojämvikt, genetisk diversitet och mått på diversitet, Wright-Fisher-modellen, koalescensteori, inavel, populationsstruktur, selektion, och kvantitativ genetik. Dessa principer kopplas till empiriska genom-variations data och till simuleringsverktyg. Praktiska moment som behandlas inkluderar skattning av parametrar (t.ex. mutationstakt och rekombinationstakt), mappning av egenskaper (såväl kvantitativa som diskreta), test av modeller, inklusive neutralitetstest och selektionstest.

Undervisning

Föreläsningar, övningar, datorlaborationer och ett projekt.

Examination

Skriftlig prov 5 hp. Muntlig redovisning av övningar och datorlaborationer 3 hp. Skriftlig redovisning av projektuppgift 2 hp.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: HT 2021

I bibliotekets söktjänst kan du se om en titel finns elektroniskt.

  • Nielsen, Rasmus; Slatkin, Montgomery. An introduction to population genetics : theory and applications

    Sunderland, Mass.: Sinauer Associates, c2013

    Se bibliotekets söktjänst