Behörighetskrav

Bioinformatiska analyser I

Mål

Kursen fokuserar på evolutionära analyser och analyser av biologisk mångfald. Efter kursen skall studenten kunna

- förklara och motivera olika modeller för sekvensevolution

- förklara och värdera olika fylogenetiska optimalitetskriterier samt välja lämpligt kriterium för att lösa ett givet problem

- skissera och tillämpa processen att göra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten

- förklara principerna för aktuella multivariata metoder

- välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem

- kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på evolutionära analyser och innehåller följande moment och aspekter:

Modeller för sekvensevolution och statistiska sekvensjämförelser. Fylogenianalys; träd och nätverk, parsimoni, distansmetoder, trolighetsbaserade metoder (maximum likelihood och Bayesianska analyser). Multivariata metoder för datareduktion och visualisering (t.ex. PCA och MDS). GIS. Databaser för biodiversitet.

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 2 hp; projekt 1 hp

Undervisning

Undervisningen ges i form av datorbaserad nätundervisning, föreläsningar, datorövningar och projektuppgift.

Examination

För godkänd kurs krävs att samtliga datorövningar motsvarande 2 hp och projektuppgift motsvarande 1 hp har redovisats skriftligen och är godkända. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov motsvarande 2 hp.