Kursplan för Modellering i biologi

Modelling in Biology

Det finns en senare version av kursplanen.

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1BG383
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi A1N, Tillämpad beräkningsvetenskap A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå

    • G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    • G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    • G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    • GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

    Avancerad nivå

    • A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    • A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    • A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    • AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2009-03-12
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2009-11-03
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2010
  • Behörighet: 150 hp avslutade kurser inklusive biologi 75 hp, motsvarande basblocket i biologi och kemi 30 hp samt Matematik och statistik för biologer 10 hp.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Kursens huvudsyfte är att ge studenter med biologisk bakgrund en förståelse för, och erfarenhet av användningen av matematiska modeller för biologiska system. Efter godkänd kurs ska studenten


  • kunna redogöra för principerna bakom modellering - varför man använder matematiska modeller

  • redogöra för hur man konstruerar och använder en modell - matematisk formulering av problem, utveckling av ekvationer, modellcykeln och resultattolkning

  • redogöra för egenskaper hos några basmodeller - diskreta och kontinuerliga tidsmodeller, differentialekvationer, och logistisk tillväxt, modeller för artinteraktioner, modeller för genetiska system, stokastiska modeller och modeller inom epidemiologi, rumsliga modeller och klasstrukturerade modeller

  • kunna analysera ekvationer - analys av jämvikt och stabilitet, grundläggande numeriska metoder

  • kunna kritiskt tolka vetenskapliga artiklar som baseras på modeller

Innehåll


  • Hur man konstruerar en modell: Att formulera en fråga; kvantitativa kontra kvalitativa modeller, modellcykeln.

  • Klassiska modeller i biologin: Populationstillväxtmodeller; modeller för naturlig selektion; modeller för interaktioner mellan arter.

  • Stabilitetsanalys: Jämvikt och stabilitet i endimensionella modeller; linjära och icke-linjära modeller; repetition av linjär algebra; jämvikt och stabilitet i tvådimensionella modeller; analys av fasdiagram.

  • Stokastiska modeller i biologi: Grundläggande sannolikhetsteori, Wright-Fishers och Morans modeller för allelfrekvenser.

  • Klasstrukturerade populationer: Matrisalgebra och Leslie-matriser. Rumsliga modeller: Drifts- och diffusionsekvationer, Fishers ekvation för genspridning.

Undervisning

Föreläsningar, problemlösning och datorövningar.

Examination

Inlämningsuppgifter som kombinerar analys och numeriska lösningar (25% av examinationens totala poängsumma). Examination vid kursens slut (75%).

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 30, 2010

I bibliotekets söktjänst kan du se om en titel finns elektroniskt.

  • Otto, Sarah P.; Day, Troy A biologist's guide to mathematical modeling in ecology and evolution

    Princeton, N.J.: Princeton University Press, cop. 2007

    Se bibliotekets söktjänst