Kursplan för Bioinformatisk metodik

Methods in Bioinformatics

Det finns en senare version av kursplanen.

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB331
  • Utbildningsnivå: Grundnivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi G2F, Teknik G2F, Kemi G2F

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2009-03-16
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2011-04-28
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 27, 2011
  • Behörighet: 60 hp inom programmet inklusive kurserna Cellbiologi, Bioinformatisk strukturbiologi, Programmeringsteknik II, Sannolikhet och statistik samt Databasteknik I.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Kursen skall ge kunskaper om, och färdigheter inom, tillämpningen av bioinformatiska verktyg på typiska biologiska frågeställningar.

Efter godkänd kurs ska studenten kunna


  • identifiera och välja lämpliga publika databaser för att lösa ett givet biologiskt problem

  • förklara principerna för olika typer av sekvensinpassningar

  • använda Perl för datahantering

  • förklara och motivera olika modeller för mönsterigenkänning

  • skissera och tillämpa processen att göra och utvärdera en fylogenianalys baserad på olika metoder samt förklara de olika delmomenten

  • välja och tillämpa (för det bioinformatiska problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem

  • kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från bioinformatiska analyser

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på sekvensdata och innehåller följande moment och aspekter:

Publika bioinformatiska databaser, deras utformning och sökverktyg. Identifiering av kodande sekvenser. Parvis och multipel sekvensinpassning, heuristiska metoder för sekvensinpassning. Automatisering av bioinformatiska analyser med hjälp av Perl. Modeller för sekvensevolution och statistiska sekvensjämförelser. Fylogenianalys; parsimoni, distansmetoder, trolighetsbaserade metoder (maximum likelihood och Bayesianska analyser).

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar och datorövningar.

Examination

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 3 hp.

För godkänd kurs krävs att samtliga datorövningar har redovisats skriftligen eller muntligen och är godkända. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 28, 2011

  • Zvelebil, Marketa J.; Baum, Jeremy O. Understanding bioinformatics

    New York: Garland Science, c2008

    Se bibliotekets söktjänst

    Obligatorisk

Nätbaserat material