Behörighetskrav

120 hp inklusive Bioinformatisk metodik, Sannolikhet och statistik, Programmeringsteknik II och Databasteknik I.

Mål

Kursen skall ge kunskap om centrala begrepp inom bioinformatik, beräkningsbiologi och systembiologi, träning i att använda abstraktions- och modelleringsfärdigheter för att skapa och tolka beräkningsstrukturer samt förmåga att kunna använda ett datorbaserat explorativt tänkande och experimenterade inom livsvetenskaperna.

Efter godkänd kurs skall studenten kunna

• använda datastrukturer och algoritmer för att självständigt utforma dataprogram som modellerar beräkningsbaserade problem inom livsvetenskaperna, relaterade till sekvens, struktur och funktion hos biologiska enheter
• tillämpa kunskaper inom diskret matematik för att kunna modellera levande system
• tillämpa tekniker för att hantera komplexiteten av problem och komplexiteten av algoritmer
• modellera grundläggande koncept i livsvetenskaperna såsom omorganisering av genom och annotering av en gen och dess produkter.

Innehåll

Introduktion till Scheme. Abstraktions- och modelleringsprinciper: rekursiva procedurabstraktioner och de processer de skapar; hierarkiska dataabstraktioner såsom sekvens och träd; muterbara datastrukturer, köer och matriser .

Sammansatta metoder tillämpade på utvalda biologiska problem: DNA-mapping och sekvensering, prediktion av gener och identifiering av proteiner, omorganisation av genom.

Introduktion till logik.

Undervisning

Föreläsningar och datorövningar.

Examination

Skriftligt prov vid kursens slut (7 hp). Inlämningsuppgifter och datorövningar (3 hp).