Kursplan för Beräkningskemi för biologiska makromolekyler

Computational Chemistry for Biological Macromolecules

Kursplan

  • 10 högskolepoäng
  • Kurskod: 1KB431
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Kemi A1F

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå

    • G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    • G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    • G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    • GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

    Avancerad nivå

    • A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    • A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    • A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    • A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    • AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2019-03-07
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: HT 2019
  • Behörighet: 120 hp inklusive 60 hp kemi varav antingen (1) Biokemi, 10 hp, och Biofysikalisk kemi, 10 hp, eller (2) Biokemi, 5 hp, och Kemisk bindning med beräkningskemi, 10 hp. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
  • Ansvarig institution: Institutionen för kemi - BMC

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • beskriva de nyckelprinciper som ligger till grund för de vanligaste aktuella teknikerna för simulering av makromolekyler
  • utföra simuleringar av makromolekyler, såsom klassisk molekyldynamik och Monte Carlo-simuleringar, samt analysera resultatet för att beskriva biomolekylär funktion
  • tillämpa förbättrade samplingsmetoder
  • tillämpa multi scale-modeller för att beskriva biokemisk reaktivitet i enzymer
  • kritiskt värdera och välja lämpligt beräkningsverktyg för att undersöka en given biokemisk frågeställning.

Innehåll

Beräkningsmetoder för att studera biomolekylära system. Grundläggande kvantkemi, statistisk termodynamik, molekyldynamik och Monte Carlo-simuleringar för makromolekylära system, avancerade samplingsmetoder. Statistisk analys, beräkningsenzymologi, beräkningsläkemedelsdesign.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier samt dataövningar.

Examination

Skriftlig tentamen (5 hp), övningar och seminarier (5 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: VT 2021

I bibliotekets söktjänst kan du se om en titel finns elektroniskt.

Versioner av litteraturlistan