Kursplan för Introduktion till bioinformatik

Introduction to Bioinformatics

Det finns en senare version av kursplanen.

Kursplan

  • 10 högskolepoäng
  • Kurskod: 1MB438
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Bioinformatik A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (G)
  • Inrättad: 2018-03-06
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-10-09
  • Reviderad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Gäller från: vecka 27, 2019
  • Behörighet: Examen på grundnivå om minst 180 hp inklusive: Alt. 1) 15 hp matematik eller statistik samt 45 hp biologi varav 30 hp i molekylärbiologi, cellbiologi, evolution eller genetik; Alt. 2) 30 hp matematik och 30 hp datavetenskap varav minst 5 hp databaskunskap.
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • redogöra för och använda metoder inom sekvensbioinformatik, såsom sekvensinpassning, fylogenetisk analys och mönsterigenkänning
  • redogöra för och använda metoder inom strukturbioinformatik, såsom klassificering av proteinstrukturer, strukturprediktion, simuleringar och struktur-baserad läkemedelsdesign
  • kritiskt analysera och sammanställa resultat från bioinformatiska analyser
  • lösa givna biologiska problem genom att använda lämpliga bioinformatiska metoder och databaser
  • använda och konstruera enklare skript i R.
I kursen ingår en introduktion till masterstudier. Efter godkänd delkurs ska studenten kunna:
  • visa medvetenhet om etiska aspekter på forsknings- och utvecklingsarbete, inklusive plagieringsfrågor och lika villkor/lika behandling
  • visa insikt om bioinformatikens möjligheter, begränsningar och roll i samhället
  • göra en individuell studieplan.

Innehåll

Grundläggande sekvens- och strukturbioinformatik samt introduktion till bioinformatiska algoritmer. Parvis och multipel sekvensinpassning. Metoder för fylogenetisk analys och mönsterigenkänning. Bioinformatiska databaser och servrar. Klassificering och jämförelse av proteinstrukturer. Förutsägelse av sekundär och tertiär struktur från sekvens- och homologimodellering av proteiners tredimensionella struktur. Molekyldynamiksimuleringar och molekylär dockning med tillämpningar inom läkemedelsdesign. Tillämpningar av bioinformatisk forskning. Datorlaborationer i bioinformatisk forskningsmiljö. Introduktion till grundläggande programmering i R. Etiska aspekter inom utbildning, forskning och utvecklingsarbete. Bioinformatikens roll i samhället. Lika villkor/lika behandling avseende samtliga diskrimineringsgrunder.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.

Examination

Introduktion till masterstudier: aktivt deltagande i seminarier, skriftlig rapport samt genomförd studieplanering (2 hp).
Sekvensbioinformatik: skriftligt prov och laborationsrapporter (3,5 hp).
Strukturbioinformatik: skriftligt prov och laborationsrapporter (3,5 hp).
Introduktion till programmering i R: laborationsrapporter (1 hp).

Versioner av kursplanen

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 27, 2019