Behörighetskrav

Alt 1. 120 hp. Programmeringsteknik II

Alt 2. 120 hp. Introduktion till bioinformatik (kan läsas parallellt). Introduktion till programmering, beräkningsvetenskap och statistik (kan läsas parallellt)

Alt 3. 120 hp. Introduktion till bioinformatik (kan läsas parallellt). 30 hp matematik tillsammans med 30 hp datavetenskap. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• beskriva vad ett skriptspråk är lämpat för, dess fördelar och begränsningar;
• använda skriptspråk för att lösa vetenskapliga problem inom t ex bioinformatik eller inom ingenjörstillämpningar;
• kombinera skriptspråket Python med andra programvarukomponenter;
• skriva shellskript och kombinera shellskripts med Python.

Innehåll

Kursen är avsedd för studenter på avancerad nivå som behöver använda programmering i ett skriptspråk för att lösa ingenjörsproblem framför allt kopplade till bioinformatik och hantering av data. Kursen är i hög grad tillämpningsdriven, det är hantverket vid användning av skriptspråk tillsammans med användning av shellskript som står i fokus.

Programmering, avlusning och exekvering i Python. Datatyper, reguljära uttryck, funktioner och moduler i Python tex Biopython. Introduktion till Linux och att skriva och använda shellskript tillsammans med Python. Python som ett "klister" mellan olika programvarukomponenter, t ex olika programmeringsspråk.

Undervisning

Laborationer. Små programmeringsuppgifter och återkopplingspass kopplade till dessa.

Examination

Inlämningsuppgifter och projektuppgift med muntlig redovisning.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Övriga föreskrifter

Kursen samläses med delar av 1TD046 Programmering, bryggningskurs 10hp, och kan inte räknas i examen tillsammans med denna.