Kursplan för Farmaceutisk bioinformatik med sekvensanalys

Pharmaceutical Bioinformatics with Sequence Analysis

Det finns en senare version av kursplanen.

Kursplan

  • 7,5 högskolepoäng
  • Kurskod: 3FF276
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Farmaceutisk vetenskap A1N, Läkemedelsutveckling A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (G), väl godkänd (VG)
  • Inrättad: 2016-05-26
  • Inrättad av: Kommittén för utbildning på grundnivå och avancerad nivå vid farmaceutiska fakulteten
  • Reviderad: 2019-10-25
  • Reviderad av: Kommittén för utbildning på grundnivå och avancerad nivå vid farmaceutiska fakulteten
  • Gäller från: vecka 27, 2020
  • Behörighet: Inom masterprogrammet i läkemedelsmodellering eller läkemedelsutveckling krävs att tidigare kurser i programmet har genomgåtts.
    Inom Apotekarprogrammet ska den studerande ha minst 150 hp samt genomgått alla kurser på termin 1-7.
    För civilingenjörsprogrammen kemiteknik, molekylär bioteknik och bioinformatik gäller minst 120 hp varav 30 hp biovetenskap.
    För fristående kurs krävs farmacie kandidatexamen/receptarieexamen 180 hp eller motsvarande.
    Kunskaper i engelska motsvarande vad som krävs för grundläggande behörighet till svensk högskoleutbildning.
  • Ansvarig institution: Institutionen för farmaceutisk biovetenskap

Beslut och riktlinjer

Kursen ingår i masterprogrammet i läkemedelsmodellering eller läkemedelsutveckling.

Mål

Efter fullgjord kurs ska studenten kunna:

  • beskriva bioinformatiska verktyg och metoder och förklara hur de kan användas inom läkemedelsforskning
  • använda bio- och kemoinformatiska programvaror, t.ex. för sekvensanalys, expressionsanalys, 3D- visualisering och struktur-aktivitetsbaserade metoder
  • konfigurera, populera och extrahera information med hjälp av relationsdatabaser och Structured Query Language (SQL)
  • lokalisera relevant information i biologiska och kemiska databaser
  • träna, validera och använda prediktiva modeller baserade på biokemiska data
  • träna, validera och använda Deep Learning modeller med Convolutional Neural Networks baserat på mikroskopibilder
  • beskriva och utföra enklare sekvensanalys
  • beräkna numeriska representationer av kemiska strukturer och korrelera dessa till målproteinsinteraktioner
  • tolka och validera resultat från ovan nämnda metoder

Innehåll

Kursen innehåller teori och metoder för bioinformatisk analys samt grunderna för hur bioinformatiska verktyg kan användas för att lösa problem inom farmaceutiskt område. Kursen innehåller introduktion och historik till farmaceutisk bioinformatik, representation av biologiska och kemiska data i datorer, biologiska och kemiska databaser. Kursen börjar med en kort och intensiv introduktion till Linux, programmering i Python, samt arbete med datorkluster. Kursen innehåller därutöver teori och metoder för analys av experimentella biologiska data, sekvensanalys, expressionsanalys, prediktiv modellering, validering av modeller, struktur-aktivitetsanalyser, Deep Learning och applikationer inom farmaceutisk bioinformatik. För storskaliga analyser kommer högpresterande datorresurser att användas.

Undervisning

Undervisningen sker i form av föreläsningar och datorövningar. Obligatoriska moment: datorlaborationer och inlämningsuppgifter. Kursen kan komma att ges på engelska.

Examination

Skriftlig tentamen sker i slutet av kursen. För godkänd kurs krävs, förutom godkänd tentamen (2 hp), godkänt resultat på
obligatoriska moment (5,5 hp). Möjlighet att komplettera icke godkända obligatoriska moment kan beredas tidigast vid nästa kurstillfälle och endast i mån av plats. Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t. ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare.

Övriga föreskrifter

Kursen kan inte ingå i examen tillsammans med kurserna Farmaceutisk bioinformatik 3FF575 eller 8FF575 då innehållet delvis är detsamma.
Ersätter och motsvarar kurs 3FF576 Farmaceutisk bioinformatik med sekvensanalys, 7.5 högskolepoäng.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 27, 2020

I bibliotekets söktjänst kan du se om en titel finns elektroniskt.

  • Wikberg, Jarl E. S. Introduction to pharmaceutical bioinformatics

    2. uppl.: Stockholm: Oakleaf Academic, cop. 2010

    Se bibliotekets söktjänst