Behörighetskrav

120 hp. Molekylär evolution, och en av kurserna Programmeringsteknik II, Programmering i Python eller Skriptprogrammering.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• sätta samman råsekvensdata till genomsekvenser och/eller inpassa dem till existerande referensgenomsekvenser
• analysera genomsekvensdata med avseende på t.ex. genuttryck, genomfunktion, genomevolution och variation inom populationer
• välja samt tillämpa metoder inom jämförande genomik för att analysera och dra slutsatser om organismers biologi och evolution
• välja sekvensteknologi och tillämpa existerande programvaror för givna biologiska problem inom området
• kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från genomanalyser
• diskutera och presentera samhälleliga, etiska och vetenskapliga aspekter av genomik.

Innehåll

Kursen behandlar bioinformatik med inriktning på analys av genomsekvensdataset och innehåller följande moment och aspekter:

Metoder för storskalig sekvensering och dess olika appliceringar. Sammanställning av råsekvensdata till sammansatta genom. Inpassning av råsekvensdata till existerande referensgenom. Principer för annotering av gener och annan biologisk information, annoteringssystem, problematiken kring automatisering av annoteringsprocessen. Bioinformatiska aspekter på olika angreppssätt för att studera genomets funktion, variation och evolution med storskalig sekvensering. Bioinformatiska aspekter på metagenomik.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.

Examination

Skriftligt prov (5 hp). Deltagande i minst 80% av seminarierna och redovisning av datorövningar (5 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.